主要参考省国土资源厅补充耕地易地开发项目管理规定、省财政厅国土基建项目资金管理规定、土地出让金农业土地开发资金使用管理规定及国家、省有关建设工程监理条例和招投标管理办法等。项目管理过程主要包括：项目可行性研究阶段、初步规划设计方案及投资预算编制阶段、项目实施管理阶段和竣工验收阶段。
一、项目可行性研究阶段：
流程：
1、项目调查；
2、听取项目所在地权属单位、村民代表意见，举行听证会；
3、可行性分析及评价；
4、编写可行性研究报告；
5、组织国土、农业、水利等部门专业技术人员评审；
6、上报市国土资源局。
上报材料：
1、1：10000土地利用现状图及地形图；
2、地类情况表；
3、可行性研究报告摘要书；
4、可行性研究报告；
5、项目投资概算；
6、土地所有权证复印件。
注意事项：
1、项目区应具备必要的交通干（支）线、水利设施等条件；
2、项目立项申报应实行听证制度，并保留听证记录；
3、可行性分析及评价应充分考虑当地的社会、经济及农业生产条件；
4、地类情况表采用上年度土地利用变更调查数据；
5、应分析项目可增加耕地的潜力；
6、投资概算采用国土资源部颁布的土地开发整理项目预算定额标准；
7、年度申报项目超过一个的，应填写项目汇总表；
8、市国土资源局在全市申报的项目中，筛选出适宜建设的项目，制定年度开发计划，经市财政局会审后，报市人民政府批准。
二、初步规划设计方案阶段
流程：
1、现场勘踏调查；
2、项目区地形测量；
3、聘请有资质的设计单位进行规划方案设计；
4、向项目报在地公告项目初步设计方案，并征询土地权属人、村民意见；
5、编制项目投资预算；
6、编写项目规划方案设计报告；
7、组织专家评审；
8、上报市国土资源局，经与市财政局会审后，由市财政局下达项目投资年度计划。
上报材料：
1、规划方案设计报告文本。附件包括：
A、地类情况表；
B、水量平衡分析报告；
C、涉及土壤改良的，应有农业部门出具的土壤改良方案及土壤养分分析报告；
D、涉及取水的，应有水利部门的用水许可证明；
E、项目实施机构情况；
F、土地所有权证复印件；
G、涉及土地权属调整的，应有土地权属调整方案；
H、土地权属人、村民代表修改意见及就该意见对规划设计方案进行修改的说明；
I、工程量计算表。
2、项目投资预算书；
3、图件，包括：
A、1：10000土地利用现状图；
B、项目总体布局图；
C、项目规划平面布置图；
D、施工大样图。
注意事项：
1、项目分析、评价、规划方向及投资预算应与可行性研究报告相一致。项目预算超过原可行性报告概算10%以上的，应向原可行性报告批准单位重新上报可行性研究报告；
2、初步设计方案完成后及向项目所要地公告，收集土地权属人及村民意见，并按该意见对规划设计方案进行修改，编写修改说明并告知修改结果。
3、项目投资预算采用国土资源部颁布的土地开发整理项目预算定额标准；
4、项目勘踏应与地形测量同步进行；
5、项目总体布局图采用1：10000地形图为底图编制；
6、土地开发、复垦及2000亩以下的土地整理项目，项目规划图采用1：1000实测地形图为底图；2000亩以上土地整理项目采用1：10000土地利用现状图为底图，也可采用地形测量与1：10000地形图结合方式。
三、项目实施阶段，包括前期准备工作、项目施工管理及项目资金管理。
（1）、前期准备工作：
1、制定实施方案
根据市国土资源局审批意见及市财政局下达的资金计划，对项目初步设计方案及投资预算进行适当调整；
2、编制技施阶段设计方案及编制招标标底；
3、向市发改局申请招标立项；
4、在市建设工程交易中心招标；
5、与中标单位签订施工合同；
6、组织施工。
（2）、施工管理
1、聘请有资质的监理单位进行施工质量监理；
2、按设计及施工规范进行施工；
3、按时上报施工进度情况。
（3）、资金管理。项目建设资金实行财政集中支付制，由建设单位申请，经市国土资源局审核后报市财政局集中支付。
1、首次申请付款。前期工作完成后可申请首次申请付款，申请资料包括：
A、付款申请表；
B、相关合同；
C、技施阶段设计图纸、预算书；
D、中标通知书及施工合同；
E、招标文件及招标工作报告；
F、中标单位投标书；
2、工程进度付款申请。施工合同完成一定工程量后可申请工程进度付款，申请资料包括：
A、付款申请表；
B、监理支付证书；
C、工程量汇总表；
D、现玚签证记录。
注意事项：
1、项目总投资包括前期工作费、工程施工费、业主管理费、竣工验收费及不可预见费组成。
A、前期工作费，按不超过工程施工费的7%计提，包括可行性研究编制与评审费用、项目调查勘测费、项目规划设计费（包括评审费用）、工程招标代理费、工程监理费。
B、工程施工费，指用于工程施工的材料、机械使用、人工及设备安装等费用，要求采用国土资源部颁布的土地开发整理项目预算定额进行编制，采用总价承包方式。
C、业主管理费是指建设单位对项目进行管理发生的费用开支，一般包括工作人员工资、业务招待费、用于项目的车辆使用维护等费用。工作人员是指为便于项目管理临时招聘的人员，不包括有固定单位统发工资的人员。
D、竣工验收费的指用于项目竣工验收产生的费用，包括竣工材料的编制、决算编制、评审、接待等费用。
E、不可预见费是指在施工中产生的不可预见的费用，包括灾难、设计变更等情况。
2、建设单位不具备招标专业技术人员的，应聘请招标代理机构实施招标；
3、监理单位应具备农田水利工程监理资质；
4、工程进度实行月报制度，每月5日前上报前一月工程进度；
5、施工进度到达一定阶段时，建设单位应及时组织单元、分部、单位工程的验收，验收资料是项目竣工验收的重要组成部分，特别是隐蔽工程必须进行验收后方可进入下一工序的施工。各阶段验收由建设单位和监理单位组织，成员由设计单位、施工单位及有关单位专业技术人员组成，必要时可邀请政府、主管部门等进行验收。
6、施工过程中，如涉及权属界线调整的，根据已批准的权属调整方案执行，施工放线、施工及施工后验收均需双方权利人现场确认，完工后，及时开展变更调查，办理变更登记，更新、保管好相关地籍档案。
7、设计变更的审批：
A、不涉及项目建设规模、建设位置、新增耕地面积和项目总投资预算的，由建设单位会同监理单位研究解决；
B、涉及前述调整方向的，由项目承担单位报原批准机关批准。
C、设计变更的工程费用按照施工单位投标文件中同类项目单价计算，投标文件中没有同类项目的，按照《土地开发整理预算定额》进行计算。
四、项目竣工验收
项目竣工验收是对整个土地开发整理项目的实施情况及建设效果的全面验收。
（一）、项目竣工验收的条件
1、工程已按批准的设计方案规定的内容全部建成；
2、各单位工程已全部通过验收并能正常运行；
3、归档资料符合工程档案资料管理的有关规定，项目竣工验收申请资料和备查资料已经齐备；
4、项目竣工决算已经完成并通过竣工审计；
5、自查、自验中发现的问题已处理完毕。
（二）、有关资料要求
1、竣工验收申请资料：
A、竣工验收申请书；
B、项目竣工报告。内容主要包括：项目建设任务完成情况、工程建设质量情况、资金使用与管理情况、土地权属调整情况、工程管护措施、投资预期效益分析、项目组织管理的主要措施与经验、存在问题与改进措施以及档案管理情况等；
C、项目竣工验收图、竣工后的土地利用现状图；
D、项目财务决算与审计报告；
E、项目工程监理总结报告。
2、竣工备查资料：
除包括上述验收申请资料外，还包括以下资料：
A、项目可行性研究报告；
B、立项申请及有关批准文件；
C、项目规划设计方案及投资预算书；
D、项目实施方案；
E、有关合同书、协议书或委托书；
F、项目招投标有关材料；
G、项目工程质量监理、检验有关报告；
H、项目投资预期效益情况报告；
I、土地权属调整情况报告；
J、有关影像资料。
（三）、竣工验收步骤
市国土资源局组织市财政局、水利局、农业局等有关土地、工程技术及财务等相关专业人员组成竣工验收组，邀请项目建设单位及主管部门、设计单位、监理单位、施工单位、运行管理单位参加；
1、听取项目建设情况报告。由项目建设单位、监理单位等分别向验收组报告，并接受对项目建设情况的质询；
2、实地查验工程建设、新增耕地和土地权属调整等情况，听取项目区农民群众等方面的意见；
3、查阅项目有关资料；
4、反馈项目竣工验收情况；
5、编写项目竣工报告
（四）、竣工验收的主要内容：
1、项目建设任务完成情况，包括土地数量和质量情况、工程建设完成和质量管理情况；
2、组织机构运行情况，包括项目领导机构、管理机构和技术指导机构的运行情况；
3、项目管理制度执行情况，包括五项制度（公告制、合同制、法人责任制、招投标制、工程建设监理制）执行情况、决算审计执行情况及其他规章制度的执行情况；
4、财务资金管理情况，包括资金制度建设情况、项目请拨款执行情况（手续、拨付、到位情况）、资金核算的组织形式（核算形式、费用划分、科目设置）、预算执行情况（开支范围、开支标准、资金用途、使用效果）、竣工决算情况；
5、土地权属情况，包括项目开发前对土地权属现状的确认情况、规划设计中的土地权属调整方案及说明、土地权属调整方案落实情况、因权属调整引发的土地纠纷及处理情况等；
6、档案资料管理情况；
7、工程管护及试运行情况。
五、其他：
项目新增的耕地开发前属未利用地及建设用地的，竣工验收后经地市初验及省厅确认，成为补充耕地储备指标，用于耕地占补平衡；开发前属农用地的，只作耕地总量平衡指标。