目前，虽然我国在生态农业的理论研究、试验示范、推广普及等方面已经取得了很大成绩，但不能否认，还存在着一些问题。这些问题正成为限制生态农业进一步发展的障碍。
理论基础尚不完备生态农业是一种复杂的系统工程，它需要包括农学、林学、畜牧学、水产养殖、生态学、资源科学、环境科学、加工技术以及社会科学在内的多种学科的支持。
以前的研究，往往是单一学科的，因此可能对这一复杂系统中的某一方面有了一定的、甚至是比较深入的了解，但是对于这些方面之间的相互作用还知之甚少。因此，需要进一步从系统、综合的角度，对生态农业进行更加深入的研究，特别是要素之间的耦合规律、结构的优化设计、科学的分类体系、客观的评价方法方面。这种研究应当建立在对现有生态农业模式进行深入的调查分析基础上，必须超越生物学、生态学、社会科学和经济学之间的界限，应当是多学科的交叉与综合，需要多种学科专家的共同参与，需要建立生态农业的自身的理论体系。
技术体系不够完善在一个生态农业系统中，往往包含了多种组成成分，这些成分之间具有非常复杂的关系。例如，为了在鱼塘中饲养鸭子，就要考虑鸭子的饲养数量，而鸭子的数量将受到水的交换速度、水塘容积、水体质量、鱼的品种类型和数量、水温、鸭子的年龄和大小等众多条件的制约。在一般情况下，农民们并没有足够的理论知识和经验对这一复合系统进行科学的设计，而简单地照搬另一个地方的经验，也是非常困难的，往往并不能取得成功。但目前在生态农业的实践中，还缺乏技术措施的研究，既包括传统技术如何发展，也包括高新技术如何引进等问题。
政策方面存在着需要完善的地方如果没有政府的支持，就不可能使生态农业得到真正的普及和发展。而政府的支持，最重要的就是建立有效的政策激励机制与保障体系。虽然目前中国农村经济改革是非常成功的，但是对于生态农业政策的贯彻，还有许多值得完善的地方。在有些地方，由于政策方面的原因，使得农民不能对土地、水等资源进行有效的保护。
而农产品价格方面的因素，有时也成为生态农业发展的一个限制因素。因为对于比较贫困的人口来说，食物安全保障可能更为重要；但对于那些境况较好的农民来说，较高的经济效益，可能会成为刺激他们从事生态农业的基本动力。
服务水平和能力建设不能适应要求对于生态农业的发展，服务与技术是同等重要的。
但目前尚未建立有效的服务体系，在一些地方，还无法向农民们提供优质品种、幼苗、肥料、技术支撑、信贷与信息服务。例如，信贷服务对于许多地方生态农业的发展都是非常重要的，因为对于从事生态农业的农民们来说，盈利可能往往在项目实施几年之后才能得到，在这种情况下，信贷服务自然是必不可少的。除此以外，信息服务也是当前制约生态农业发展的重要方面，因为有效的信息服务将十分有益于农民及时调整生产结构，以满足市场要求，并获得较高的经济收益。
另外，尽管必要的激励机制是十分必要的，但生态农业应当更趋向于开发一种机制，以使农民们自愿参与这一活动。要想动员广大的农民自觉自愿、并能够自力更生地通过生态农业发展经济，能力建设自然就成为一个十分重要的问题。到目前为止，并没有建立比较有效的能力建设机制，对于更为重要的基层农民来说，很少得到高水平的培训与学习的机会。
农业的产业化水平不高发展生态农业的根本目的是实现生态效益、经济效益和社会效益的统一，但在中国的许多农村地区，促进经济的发展、提高人民的生活水平，仍然是一项紧迫的任务。目前生态农业的实际情况还不能满足这一需求，因为在一些地方，仅仅依靠种植业的发展，难以获得比较高的经济收益。中国加入WTO，既为中国生态农业的发展提供了新的机遇，也使之面临着新的挑战。为适应这一新的形势，生态农业的发展还有许多的问题有待解决，而其中，农业的产业化无疑是一个极为重要的方面。
从另外一个方面来看，人口问题一直是中国社会发展中的主要问题之一。据估计，到2030年前后，中国人口将达到16亿。土地资源相对短缺，耕地面积还在不断减少，而人口在继续增加，农村剩余劳动力的转移也已经成为困扰农村地区可持续发展的一大障碍。为了解决这一问题，也必须通过在生态农业中延长产业链、促进农业的产业化水平来实现。
组织建设存在着不足在生态农业的发展过程中，组织建设是一个重要方面。正如世界环境与发展委员会在其报告《我们共同的未来》中所指出的那样，新的挑战和问题的综合与相互依赖的特征，与当前的组织机构的特征形成了鲜明的对比。因为这些机构往往是独立而片面，与某些狭隘决策过程密切相关。中国当前的生态农业，也同样存在这种组织建设的不足。
推广力度不够虽然生态农业有着悠久的历史，政府也较为重视，但仍然没有在全国范围内得到推广。101个国家级生态农业县与全国相比是一个非常小的数字。因为从总体而言，沉重的人口压力，对自然资源的不合理利用，生态环境整体恶化的趋势没有得到根本的改善，农业的面源污染在许多地方还十分严重。水土流失、土地退化、荒漠化、水体和大气污染、森林和草地生态功能退化等，已经成为制约农村地区可持续发展的主要障碍。从某种程度上说，目前的生态农业试点，还只不过是“星星之火”。
但我们相信，只要大家不断努力，生态农业这一“星火”，一定能在中华大地形成“燎原”之势，成为中国生态环境建设的一个重要方面。