1、工程量清单模式审计形成阶段控制不严密
由于我国实施工程量模式下审计实施实践比较晚，在具体实施过程中大部分都是整个审计重点放在对工程竣工验收后的结算审计，是一种事后的审计监督，事前、事中审计部门没有完全介入，从工程前期可行性研究、经济评价、招投标、施工阶段审计部门没有完全介入。
2、工程量清单计价实施阶段审计存在的问题
首先对工程在招标、投标过程中是否严格遵照相关规定制度的审计乏力，造成这种现状主要是因为目前审计人员在审计的时候其独立性受到影响，工程审计人员与被审计的工程负责人之间有的甚至存在各种关系；其次对工程量清单实施的相关合同审计不到位，造成这种情况有一个很现实的原因是我国目前很多工程量模式审计人员并没有建筑等相关专业背景，对很多专业性合同、图纸以及相关技术不了解，也就谈不上进行有效的审计了。
3、工程结算阶段审计存在的问题
工程量清单模式审计在结算阶段最突出的几个问题是工程结算与合同内容、竣工结算与财务结算的一致性问题。从工程结算与合同内容的一致性来看，很多工程由于在工程施工以及之前预算工作的监督审计没有做好，导致后来实际费用支出超出了合同规定的弹性限度。在竣工结算与财务结算的一致性方面，在实施工程量清单计价模式审计前，合同价款标注不实，拖欠工程款是常有的现象。