1、设计单位对原设计存在的权限提出的工程变更，应编制设计变更文件。发包人或承包人提出的工程变更，应提交总监理工程师，由总监理工程师组织专业监理工程师审查。审查同意后，应由发包人转交原设计单位编制设计变更文件。当工程变更涉及安全。环保、规划等内容时，应按规定经有关部门批准和审定。
2、项目监理机构应了解实际情况并收集有关的资料。
3、总监工程师根据实际情况、设计变更文件和其他有关资料，按照施工合同的有关。条款，在指定专业监理工程师完成下列工作后，对工程变更的费用和工期做出评估：
（1）确定工程变更项目与原工程项目之间的类似程度和难易程度。
（2）确定工程变更项目的工程量。
（3）确定工程变更的单价或总价。
4、总监工程师就工程变更费用及工期的评估情况与承包人和发包人进行协调。
5、总监工程师签发工程变更单。
在工程变更的处理中，总监工程师在工程变更的质量、费用和工期方面取得发包人的授权，可按施工合同规定与承包人进行协商，协商一致，总监工程师将协商结果向发包人通报，并由发包人在变更文件上签字认可。总监工程师未经发包人授权，应协助发包人与承包人就工程变更的质量、费用和工期进行协商并取得一致。若双方未能就工程变更的费用等方面达成协议，可由监理方提出一个暂定的价格，作为临时支付工程进度款的依据，工程最终结算时应以承发包双方达成的协议为准。
在总监工程师签发工程变更单之前，承包人不得实施工程变更。未经总监工程师审查同意而实施的工程变更，监理方不予以计量。
施工管理中，在科学合理、有利于施工和达到合同目标的前提下，监理工程师应发挥监理单位的技术和经验优势，帮助业主和承包单位，尽量减少工程变更，特别是随意地修改工程设计或盲目追求施工速度而造成不必要的工程浪费。