一、编制程序不同
投标阶段施工组织设计是为了编制投标书，所以首先熟悉招标文件，明确招标单位的要求，针对招标文件要求进行标前设计，从而做出有竞争力的投标决策。设计顺序是：学习招标文件→进行调查研究及现场踏勘→编制施工方案和选用施工机械→编制施工进度计划、确定开、竣工日期、分批分期开完工部位日期及总工期→绘制施工平面图确定标价及钢材、木材、水泥等主要材料用量→编制主要技术组织措施→提出合同谈判方案(包括谈判组织、谈判目标、谈判准备等)。 实施阶段施工组织设计是在拿到工程中标通知书后进行的，内容是从施工准备一直到工程竣工验收，是施工过程中的指导性文件，编制程序是：工程概况→施工管理组织→施工部署→施工方案→施工进度计划→各类资源计划→施工技术组织措施→施工平面图设计→指标计算与分析。
二、编制目的不同
投标阶段施组编制的目的就是为了投标，主要是追求中标和达到签订承包合同的目的，通过编制施工组织设计让业主了解企业的机械装备、资金力量、施工部署、施工方案、施工组织等。并通过合理的报价，向业主展示自己的综合实力。而实施阶段施组，就是为了使所中标的工程，在施工的过程中，如何提高施工效率，合理的安排和使用人力物力，追求施工效率和经济效益，两者的重要区别是：一个主要是控制性、战略性、规划性的，一个是全局性、指导性、作业性的。
三、编制时间不同
投标施组是在投标书编制时着手编写，由于受报送投标书的时间限制，编制标前施工组织设计的时间很短。而实施阶段的施组，是施工单位进场后进行编制，对现场的了解更深入，编制时间相对较充裕。因此针对这种特点，平时要注重两类施工组织设计的相同素材的搜集与积累。例如：主要项目的施工方法；施工企业质量管理体系；防止质量通病的技术措施；工程质量检测的设备；国家或建设行政主管部门推广的新工艺、新技术、新材料；文明施工现场措施；施工安全的技术措施及保证体系等。以上素材平时都可以提前编写出来，分别建立小标题，利用计算机贮存，使用时可随时调出，结合具体情况略微修改后就可利用了。
四、服务范围不同
投标施组是为了满足编制投标书和签订工程承包合同的需要而编制的，它的主要目的是使投标书具有竞争力以实现中标。对其内容进行规划和决策，它是业主考查承包商能力的依据；业主通过投标施组，首先考查承包商响应招标文件提出的各项相关要求的情况及考查承包商技术方案的合理性和可靠性、组织管理水平、履约能力、质量安全保证措施可行性、成本控制能力。它还是指导中标前后合同谈判的重要依据；中标前技术谈判，是通过审核施工组织的合理性、可靠性、先进性来确定。中标后的谈判是经济谈判，通过谈判最终确定合同价款和承包条件。标前施组设计的水平既是能否中标的关键，又是总包单位招标和分包单位编制投标书的重要依据，它还是承包单位进行合同谈判，提出要约和进行承诺的根据和理由，是拟定合同文件相关条款的基础资料，带有很强的战略性。
实施阶段施组是以整个建设项目或群体工程为对象编制的，是整个建设项目或整个群体施工的全局性、指导性文件，它的主要作用是：
（1）确定设计方案的可行性和经济合理性；
（2）为建设单位主管部门编制建设投资计划提供依据；
（3）为施工单位主管部门编制建安计划提供依据；
（4）为组织物质技术供应提供依据；
（5）保证及时的进行施工准备工作；
（6）解决有关建筑生产和生活基地组织或发展问题。
同时实施阶段根据需要编制分部工程施工组织设计及单位工程施工组织设计。单位工程施工组织设计，是施工组织总设计的具体化，用以指导单位工程施工组织和施工，是项目编制月旬计划的基础。分部工程施工组织设计：主要是对于施工难度大、施工技术复杂的项目，用来指导各分部工程的施工，如；防水工程、预应力工程、导截流工程、大量土石方工程、基础处理等。分部工程施工组织设计突出作业性，主要进行施工方案、进度计划和技术措施设计。
五、编制者不同
由于投标阶段施组适应经营需要，追求中标和承包后的经济效益，因此带有控制性、战略性，一般主要由企业的技术、经营管理人员编写，文字叙述上规划性、客观性强；实施阶段施组应由项目经理组织项目经理部的各部门进行编制，技术部门(人员)负责施工方案的编制，生产计划部门和工程部门，分别负责施工组应由项目经理组织项目经理部的各部门进行编制，项目经理负责协调使各部门相互创造条件，提供支持，指标的计算和分析亦由各相关部门分别进行。文字叙述上具体直观、作业性强。因此针对这种特点，要注重两类施工组织设计内容侧重点的叙述技巧。例如：投标阶段施工组织设计对本工程拟采用的新工艺、新技术、新材料的应用，在文字叙述中即要有符合国家和建设行政主管部门推广“四新”技术的方针、政策的论述，还要有保证工程质量或节约工程投资的对比计算方案，更要有施工工序和施工方法的详述。这样不仅文章生动活泼，而且有力有理。而对有些常规施工工序和施工方法，简明扼要，无须大篇幅渲染，切忌面面俱到。而实施阶段施工组织设计，对“四新”技术的应用，侧重点在施工工序和施工方法上的详述，对主要工序和施工方法即使属于常规操作规程，也要具体陈述步骤，便于指导生产。对工程项目部而言，实施阶段施工组织设计，就是要在科学合理地组织各种施工生产要素上下功夫，从而保证施工活动有秩序、高效率、科学合理地实施。