一、合同双方的主体资格审查
合同主体是否具备签订及履行合同的资格，是合同审查中首先要注重的问题，是涉及到交易是否合法、合同是否有效的问题。
1、审查身份：审查对方的经营主体资格是否合法，是否真实存在。
2、审查履约能力：
（1）审查对方现有的、实际的、真正的经营情况。
（2）审查施工合同对方当事人是否取得了建筑法律或行政法规要求的资质，是否具备相应的工程造价所要求的施工企业法人资质等级。
审查时主要看其是否持有国家工商行政管理机关核发的企业法人营业执照，是否持有建设行政主管机关颁发的资质证书，对于不具备相应资质、资格的施工企业应该拒绝，以免合同无效，造成经济损失。
（3）审查施工当事人的设备、技术水平、经营范围、信誉等情况，加以调查核实。
3、代理人要有代理权：
（1）在与企业的分支机构或职能部门（如项目部）签合同时，必须得到企业法人的书面授权委托书，可以在其营业执照的经营范围之内与其签订合同。
（2）分公司一般有营业执照，其经营范围在总公司经营范围之内，但无总公司相关资质，需要总公司授权书方能签订合同。
（3）职能部门（如项目部），有授权书也能签合同，甲方名称可以写上职能部门的名称。
二、审查合同招投标要求
1、对于使用国有资金投资或者国家融资的项目、使用国际组织或者外国政府贷款及援助资金的项目、大型基础设施或公用事业等关系社会公共利益及公众安全的项目，必须通过招投标（具体参阅发改委令第16号）。
2、审查有无建设工程必须进行招标而未进行招标或者中标无效的，以免造成合同无效。
三、审查工程期限的约定
1、工程期限包括计划开工日、实际开工日、计划完工日、实际完工日、计划竣工日和实际竣工日等的确认程序和时间限制是否明确。
2、工程有无阶段工期的要求；是否有工期顺延的情况，如何提出、确认；工期延误、延期竣工造成的责任承担。
3、施工合同的履行期限，分期形象进度和总履行期限都要写清楚，这涉及到工程形象进度款支付及工程款最终结算时间，从而影响到支付工程款的时间价值(利息)及工期索赔，最终影响到工程造价。
4、有无各种合同工期的定义、确认程序和时限，包括工程完工工期、总承包工程开工至整体竣工验收的工期、计划开工日、实际开工日、计划完工日、实际完工日、计划竣工日和实际竣工日。
四、工程量条款的审查
1、审查工程量的确定、确认方法，工程量调整依据是否约定。工程量的计算方法是否科学，有关工程量的报告材料如何编写、提交、确认等内容是否具有可操作性。
2、碰到超出设计范围、变更施工范围、返工等情况如何计算工程量是否有约定，工程量的核定期限是否细致、明确。
五、工程质量约定的审查
1、审查工程质量的确定、确认方法程序。
2、审查工程质量有无明晰的标准，工程质量必须达到国家标准规定的合格标准，或做出其他约定，如取得“鲁班杯”“钱江杯”等。
3、验收范围，如验收依据、设计任务书、设计施工图、技术说明、验收规范等，有无书面的双方签字确认的质量标准细则。
4、验收的主体是否合适，验收的期限、程序设计是否合理，如何提出质量异议、如何磋商、处理等。
5、质量争议的处理方式及违约责任是否约定；工程质量保修范围、保修期和保修金的规定等。
六、审查造价条款，防止造价结算争议
1、审查是否明确合同价款的性质是暂定价、可调价、固定单价还是固定总价。
2、审查价款的调整条件和方法；价款调整的依据；固定总价时的包干范围和风险包干系数；固定单价时的工程量调整依据、计量方法及适用单价；垫资合同垫资款回收的安全性。
3、审查工程造价是否合法，是否公平合理，有无明显偏高或不合法之处。
4、合同中必须对价款调整的范围、程序、计算依据和设计变更、现场签证、材料价格的审批、确认做出明确规定。
七、工程款支付条款审查
1、工程进度款的支付流程是否约定，是否明确价款的计算方法(如按什么定额计算)、货币种类、支付时间和方式。工程价款支付方式(如按月支付、分段结算、一次性结算)中相关依据是否科学、可行，具有操作性。
2、工程价款计量如何进行，程序如何安排，拖延支付惩罚措施是否明确。
3、工程价款支付是否存在不确定性，是否有批准、前置或其他任何形式的弹性条款存在。
4、审查竣工结算的前提条件，如结算的条件、依据、结算的期限、程序、审核，逾期审核的责任等。
5、审查施工企业保证金等是否符合法定数额，工程预付款数目是否合理，施工进度款支付数额、日期是否合理，维修保证金是否合规。
6、如果工程项目存在大量增加合同外工作量的可能，有无相关支付约定。合同外增加的价款，应约定当月签证，纳入当月支付。
八、工程施工条件条款审查
1、工程预备工作如何开展。
2、设备材料如何安排、设备材料如何采购检验。
3、现场工作如何组织、安全施工由谁保障、场地通行通水通电如何保证。
4、一般约定施工条件由承包方承担，但为保护承包方利益时，可以约定一个兜底条款，如：因为发包方原因造成的安全文明施工问题，由发包方承担一切损失。
九、关于工程变更约定的审查
1、工程变更、设计修改、方案变更、材料更换、其他临时修改的双方交换意见的程序、费用计算方法和支付方式等内容的约定是否合理。
2、工程签证的条件、形式、确认程序及作为结算依据的必要条件是否明确。
十、关于竣工验收和结算约定的审查
1、审查是否明确关于验收的主体资格、质量不合格情况下的整改措施和责任承担、结算资料的提交时间和补充要求。
2、审查是否明确已完成工程的保护、竣工验收的性质和程序，竣工资料的内容、份数、提交时限和逾期提交的责任，竣工资料、竣工验收资料的备案。
3、审查关于竣工验收、工程交付和竣工结算先后顺序约定，是否明确未及时支付竣工结算的违约责任。
十一、合同的涉税性条款审查
1、合同的价款须约定价税分离，列清合同总金额、不含税金额、税额，以使合同印花税税基明确。
2、合同中约定开具发票的时间、发票类别（专票/普票）、税率、结算方式、付款的条件等，付款时间、开票时间决定纳税义务发生时间。
3、合同中约定如有预收款，是否开具发票，开具何种发票（不征税/正常税率），正常情况是不产生纳税义务，开“不征税”发票，如果开具正常税率发票则须提前缴税。
4、合同中约定由于一方原因造成发票不可用，由责任方负责，与对方无关。
5、合同执行期间如遇国家财税政策调整、新政出台，按调整后的政策、新出台政策对合同具体条款协商调整。
十二、各阶段应提供的书面报告、材料准备条款审查
1、施工前、施工过程中、竣工结算时需要哪些材料，如何编排目录，如何提交、确认，如何联系、通知等，如验收材料、竣工材料、结算材料等。
2、是否需要阶段性工程技术资料，如何整理收集、提供和确认。
十三、关于合同生效时间、地点效力的约定审查
签字盖章时、履约保证金交纳时（附生效条件）等；合同签订地、项目所在地。
十四、关于合同签字的审查
1、合同的成立可以以签字为准，也可以以盖章为准，签字优先。合同确认的最好方式就是签字，或者签字加盖章。
2、能签字的人：法人的代表人、委托代理人（有授权委托书）
3、合同大于2页的，要盖骑缝章。
4、如果对方的签字人是法人代表，要求对方出具法人个人的身份证明、营业执照副本、或工商局出具的法人资格证书；如果对方的签字人是职能部门人员，则需提供法人代表的授权委托证书和职能部门人员本人的身份证复印件。
5、企业法人：盖公章或合同专用章；法定代表人单独亲笔签字，不盖章合同也生效；委托代理人有授权委托书的，不盖公章，只签字也生效。
建议做法：盖章，并经法定代表人或法定代表人授权的人签字后生效。
十五、合同提前终止、解除条件、确认和后续处理程序的审查
1、合同终止、解除情况下已经完成的工作量、工程质量如何审查确认。
2、审查是否约定已购买材料设备的处理，工程资料的编制与移交的时限和程序。
3、审查已完成工程与未完成工程的技术衔接和处理;合同终止、解除或者符合约定交付工程时的撤场时限、确认程序。
十六、保修及退还保修金条款的审查
1、明确质保金返还的年限，质保金的结算方式。质保金在质保期满无息返还，质保期间发生的甲方维修费用的规定。
2、质保期均从最后一项单位单项工程工期竣工合格日开始计算。
3、大型设备的各配件质保期的规定。
4、质量保证期中的维修项目的再次的保修期限和保修金的问题。
十七、施工合同中违约责任条款的审查
1、施工合同中违约责任与义务要相对应，应符合法律法规规定，约定的违约金和赔偿金的数额不得高于或者低于法律法规规定的比例幅度或限额。
2、履约保证金(或保函)的具体内涵加以明确：何种情况下扣除、保函生效失效时间、保证金退还的时间及利息约定。
3、对于工期拖延的罚则：扣保证金、违约金及抵工程款、总价款的违约金。
4、对于逾期支付工程款的罚则：发包人不能按时支付工程款的，自逾期之日起按照中国人民银行规定的贷款利率承担迟延履行期间的利息。违约金：可与延期同比例的约定。
5、对于工程及资料交付的约定：发包人与承包人工程结算发生的任何异议，应当通过仲裁或者诉讼解决，但是无论是否发生或者争议责任如何，都不能成为承包人行使工程移交、工程验收、配合工程备案以及移交工程资料的抗辩理由。上述争议被确认属于发包人过错的，发包人承担相应责任(留置权)。
6、对于质量争议的约定：质量问题认定的中间机构设置和认定。证明责任的承担和程序。可约定第三方：区所在地的质量部门。
7、对于质保金的约定：质保期的长短，质保金返还的方式和利息支付问题。
8、对于安全文明施工过程中的责任承担和处罚方式的约定。
十八、争议解决条款审查
1、民诉法解释第28条明确规定建设工程施工合同纠纷案件按照不动产专属管辖确定受诉法院，即建设工程施工合同纠纷由建设工程所在地人民法院管辖，从而排除了协议管辖。
2、审查施工合同解决争议的条款时要注意：尽量选择双方协商，协商不成时申请仲裁或诉讼。选择仲裁时必须写明仲裁机构和仲裁地点，诉讼虽然不能协议管辖，但是仲裁的管辖约定依然有效。
十九、其他注意点
1、质量约定：合格、市优、省优、国优。
2、材料：甲供、乙供；如甲供，甲供材料明细、价款、乙方领用程序的约定。
3、保险：工程一切险；甲乙双方的人身险。
4、履约保函、农民工工资支付（专户农民工工资保证金）约定。