1、对于材料价格变动因素对合同总价的影响。双方应预先在合同中就允许调整物资、材料的种类、价格标准、调整幅度等作出明确约定；物资、材料涨跌受市场供需等因素的影响而不依当事人的意志为转移，签约双方均无法预知合同履行过程中材料是涨还是跌，因此双方将材料价差约定在一定风险包干范围能保障承发包双方利益，也是《合同法》公平原则具体体现。从根本上来说，采用固定价格合同应考虑优先适用于履行周期短、物资材料市场价格相对稳定的小型工程，在此类工程中，价格变动的几率和幅度都会很低，双方由此而引发争议概率也会大大降低。
2、对于工程量的变更。对于发包方，若采用固定总价合同，在招标时就应尽可能向投标人提供详细的施工图及说明、施工要求，并给予投标人足够的编标和询标时间，以确保投标人熟悉施工场地，理解设计意图，明确施工要求，减少投标人工程量计算失误的概率，从而避免日后纠纷发生。同时，为防止承包方故意漏算、错算工程量，发包方应事先在合同中约定允许调增的工程量范围，调增工程量时单价的确定方式，以及超出此范围的处理方法；对于承包商而言，在投标时应吃透设计意图，详细踏勘现场，对设计图纸文件和招标书中不明确之处及时通过询标要求招标人明示，并做好询标答疑的详细记录，已备日后发生争议时有足够的证据。双方在此项上都要尽到一定谨慎义务。
3、关于工程承包范围的争议。发包方在招标时应尽可能将招标范围、投标人报价应包含的工作内容、费用项目在招标文件中一一明确，避免产生歧义。承包商在报价时应仔细审阅招标文件、图纸及说明，以免遗漏报价项目及内容，还要对拟建工程可能发生的一切项目和费用作通盘考虑，对项目清单所列项内容不妥或遗漏之处，及时通过质疑方式提出，以避免日后纠纷。