科学合理的审计流程可以减少重复劳动和多余的劳动，避免不必要的时间和精力浪费，对于提升审计效率至关重要。通常情况下，受理结算后首先审查结算资料是否符合要求，接着大致判断初审的准确率，针对初审的准确性来决定是重点审查还是全面审查，最后审查、核对、谈判。
审查结算资料
关于结算资料的有效性审查主要是检查资料的审批流程是否符合项目的制度规定，资料的签字盖章手续是否齐全有效，资料是否原件等，具体如下：
（1）所有送审的结算资料必须是原件，特殊情况必须由发、承包双方项目负责人在复印件上签章并申明“本复印件与原件一致”。
（2）竣工图须为工程最终完成状态真实、完整的体现，须由发包人、承包人和监理共同签章确认；凡涉及图纸内容调整的变更，均应完整反映到竣工图上，同时注明变更文件号和变更时间，否则，结算审计人员有权认为该项变更未实施。
（3）甲供材汇总表、承包人的现金缴纳证明 (如：水电费、配合费、各类经济处罚等)须经发包人财务部门签章确认方可有效。
（4）所有结算资料涂改处均须发承包双方签章确认后方可有效。
（5）在结算过程中原则上不再接受后补资料。
对资料的真实性审查，一是对资料的闭合性审查，即资料之间是否存在矛盾；二是资料反映内容是否与现场吻合，这主要通过项目施工过程中的影像资料（尤其是监理图片）、现场勘验等手段去发现。审查本工程有无“甲供材、甲控材及一种材料甲乙双方都有采购等情况；三是审查各资料是否与施工现场实际情况相符（有无甩项漏项、中途退场等情况），审查办法：查看合同台账、查看项目施工过程中的影像资料（特别是监理发的图片）、向知情人咨询、赴项目现场实地堪查等方式。
确定审计出发点
着手审计后，是从头开始建模算量、套价，还是审查初审工程量计算书和预算书，这要看初审的准确性，因此先要对初审准确性有一个大致的感知。初审核减额高的不一定准确率就高，核减额低的不一定准确率就低，还应具体分析核减明细及核减部位。工程师审计之前可以跟初审人员进行沟通，了解大致的初审过程，若初审时已与施工单位仔细核对过量、价，那复审时可以在初审的基础上进行抽查审计。工程量方面可以抽查初审建模设置，节点构造、影响造价比较大的构件，接下来就是重点审查计价方面，包括定额子目套用、人材机价差调整、取费程序等。
审计方法
若重新算量和套价，尽量按初审口径进行算量和套价，以初审预算书和工程量计算书为参照，进行比对，形成《子目单价和工程量比对表》，找出差异点和原因。注意事项如下：
（1）在比对过程中，应过滤掉“复审工程量或子目单价大于等于初审的子目项”；
（2）复审工程量少于初审3%的，应集中罗列，可按适当比例选择性核对，在条件允许下也可直接谈判处理；
（3）复审工程量大于初审3%的子目项，应作为重点审查对象，须仔细排查，逐一找出差异项和原因；
（4）对于争议项，宜先由结算主管参与协调，遗留争议，由施工方对争议项的完整性进行确认后，在“乙方对无争议部分进行确认后、复审结束前”阶段，由部门经理、公司领导参与谈判解决。