农业工程作为人类发展史上实施最早的大范围工程，对人类的生存和发展影响深远。农业工程把地球生物及生物生存所需要的空气、水、土壤等作为研究和实施的对象。然而过去的农业工程研究常常集中在妨害生物生存和发展的影响因素上，而很少深入研究涉及的诸多生物链以及对生物多样性的影响[1]，在研究和实施过程中，没有用全面、可持续的发展观指导实践，导致地球上的物种急剧减少，生态环境遭到破坏更加严重，人类的生存环境也面临更严峻的挑战。
1 农业工程的研究与实施不当对生态环境的负面影响
1.1 农药喷洒不当，造成生态失衡
由于森林害虫繁衍快，危害大，人们往往会借助大规模的农药喷洒来消灭害虫。虽然农药杀虫效率高，但容易导致以这些害虫为食的鸟类误食害虫而亡；同样，以这些鸟类为食物的其他动物也容易中毒致死，害虫的天敌大规模死亡之后，害虫又将肆虐发展，进一步造成农药的持续、大量使用[2]。同时，农药的喷洒也对土壤、水、空气等造成污染，严重破坏了自然界的生态平衡。
1.2 耕作方式不当，破坏土壤生态结构
不当的耕作方式容易破坏土壤结构，旋耕方式就是如此。从表面上看，旋耕实现了对土地的充分利用，实际上是破坏了土壤的结构，使土壤过于松散而不适宜农作物的生长；同时，旋耕也使土壤有机物的分解能力大为减弱。由于旋耕破坏了土壤的生态结构，人们为了提高作物单产只能施用化肥等，长此以往，土壤肥力减弱，农作物产量会降低。
此外，有部分地区的土壤沙化和沙尘暴都是由人们的耕作不当造成。因此，在研究和实施农业工程的同时，应处理好农业工程与生态环境之间的关系。
2 农业工程的研究实施与生态环境保护的要求
2.1 应注重保护动植物的多样性
随着现代农业耕作方式的变化，动植物的生存环境面临严峻的威胁，动植物的种类不断减少。有许多药物都是从植物中提炼而成，人们的衣、食、住、行也脱离不了这个生态圈。在农业工程的研究与实践中，如果不注重保护动植物的多样性，并采取有效的措施来阻止动植物生存环境的恶化趋势，人类发展必需的动植物将大大减少，由此影响自然界生态系统和人类的生存和发展。
2.2 要保护好人类的生存环境
土壤、水和空气都是人类赖以生存的基本要素。农业工程的研究与实施过程中，要切实保护好人类的生存环境。由于土壤容易受到污染，且自身净化能力有限，因而不当的耕作方式和过多的化肥和农药会使土壤中的微生物受到影响，土壤质量下降，且容易导致沙化、沙尘暴等。此外，过多的农药和化肥也会造成水质污染，大面积的井灌则会导致地下水资源的过快枯竭，围湖造田会造成湿地生态失衡等[3]。因此，在改造自然的过程中不遵守自然规律，就很容易给生态环境造成不可弥补的伤害。因此，要加深对农业工程研究实践和生态环境的关系的认识，增强保护地球、保护生态的意识。
3 在保护生态环境基础上研究实施生态工程
3.1 加强农业工程研究实施的立项和审批
农业工程对农业生产和发展、自然环境都有巨大影响，因此，对于农业工程研究与实践的立项和审查都应该慎之又慎，可以通过建立和完善相关的法律法规，严格立项和审批的申请资格和程序。同时，要提高农业工程研究人员和相关领导的生态环保意识。
3.2 建立和完善相关的生态环境追踪评估机制和预警系统
建立和完善相关的农业工程实施后的生态环境追踪评估机制和预警系统，对于保护生态环境、提高农业生产效率都有重要意义。许多农业工程实施后需要一段时间才能显示出效果和影响，因而建立动态评估机制十分必要，否则将很难避免生态环境的破坏。例如，农业生产中在给瓜果蔬菜喷洒农药后，就应追踪这些果蔬是否有农药超标的问题，调查是否对人体造成伤害。因此，只有建立农业工程实施后的动态评估机制，才能认清并解决农业生产中存在的问题[4]。
此外，研究人员还要善于分析农业生产的问题，并预知这些可能会造成的后果，防微杜渐是农业工程研究与实施中应该存在的想法。逐步建立完善的农业工程生态预警系统，有利于在保护生态环境的同时提高农业的生产力。总之，要不断探索农业工程的研究实施与生态环境保护间的关系，在尊重自然的基础上改造自然。