水利工程建设项目施工监理的主要工作方法是：
1.现场记录。监理机构完整记录每日各施工项目和部位的人员、设备和材料以及天气、施工环境以及施工中出现的各种情况。
2.指令文件。监理机构采用通知单、指令、签证单、认可书、指示、证书等文件形式进行施工全过程的控制和管理。
3.旁站。监理机构按照监理合同约定，在施工现场对工程项目的重要隐蔽工程、工程的隐蔽部位和关键部位的工序的施工，实施连续性的全过程检查与监督。
4.巡视检验。监理机构对所监理的工程项目进行定期或不定期的检查、监督和管理。
5.跟踪检测。在承包人进行自检前，监理机构应对其试验人员、仪器设备、程序、方法进行审核;在承包人检测时，进行全过程的监督，确认其程序、方法的有效性，检验结果的可信性，并对该结果签认。
6.平行检测。监理机构在承包人自行检测的同时独立进行检测，以核验承包人的检测结果。
7.协调。监理机构对参加工程建设各方的关系以及工程施工过程中出现的问题和争议进行调解解决。