为促进勘查、设计、监理、施工、设备采购等工程合同合法签订和履行，审计时应把好以下三关：
一要把好合同签订前审核关。勘查、设计、监理、施工、设备采购等合同，一经发包方和承包方签字后，即产生法律效力。如果在合同签订后进行审计，即使发现合同条款中的问题（如由于签订时对某些条款了解不充分，导致整个合同价款偏高），若无确凿证据认定存在欺诈、非法等无效条款的，审计对生效合同中所发现问题很难提出调整意见。同时，合同一方对无效合同往往因某种原因需承担有效责任，如存在经济损失也不宜挽回。因此在合同双方未交换文本前，审计应对设备、材料价款等合同条款以及影响价格变动的工程变更协商条款进行审核，并对不适宜条款及时提出纠正意见。
二要把好取费基数、费率认定关。按规定，设计、监理合同中的计费基数应为建设项目初步设计概算中的建筑安装工程费、设备与器具购置费和联合试运转费之和，依此审计部门应注意费用结算时对建设项目初步设计概算中有可能出现的项目变更或调整进行核实。由于费率是按基价加调整系数计算，其中的某些调整系数是浮动性的，作为政府投资工程应尽量采用最低系数计算费率，审计部门在审核时应依此提出建议并复核。
三要把好专项条款审核关。由于受季节、施工环境、市场材料价格变动及机具设备能力等特殊性因素影响，建筑工程施工合同的工程价款调整频繁，尤其与合同中的补充协议条款紧密相关，因此在合同条款商议过程中，应由专业人员对工程价款调整等合同条款进行严格把关，避免因条款签订不严谨产生工程索赔的风险。