1存在的问题
1.1管理模式以及管理理念落后
目前我国大多数的水利工程在管理运作过程中所采用的管理理念与管理模式均停留在计划经济时期，极大地影响了水利工程管理运作的有效性。现代的水利工程管理运作中未能和市场经济相关联，水利工程管理单位不能以积极的姿态引入现代化的管理模式，水利工程亦不能够获得相关利润。这种充满限制性的管理模式使得水利工程管理部门之间不能够形成有效的竞争，各个水利工程管理单位在进行管理工作时呈现散漫自由的姿态，使得水利工程的管理不能够顺利进行。
1.2管理体制存在问题
目前在我国绝大数的水管企业中，所采用的管理模式和“事业单位”相似，对水管企业的进一步发展造成影响。由于政府直接参与水利工程管理部门的工作，可能导致了政府把其原本需要承担的财政赤字转嫁到水利工程管理部门承担，对水利工程管理部门的发展造成影响。这种由政府参与的管理体制在一定程度上对水利工程管理企业的资金获得以及发展资金的储备造成影响，不利于整个水利工程管理工作的进行。
1.3缺乏科学的水费核算机制
目前我国大多数水利管理机构的整体运营状况都是呈现亏损状态的，造成这种现象的最重要原因之一就是各个水管部门的水费核算机制不够科学，在对水费制定过程中所考虑的因素不够全面，从而使水管部门入不敷出的现象频发。水费核算机制的不完善是导致水管部门营业利润得不到提升的主要原因，对水管部门职工参与水利工程管理运作的积极性有着重要影响，因此相关部门必须加强水费核算机制的改革，使水利工程管理部门能够尽快摆脱整体亏损的现象，为水利工程管理运作有效性的提升创造条件。
2水利工程管理运作改革措施
2.1强化责任，规范管理
要提升水利工程管理运作的效率，相关水利部门必须明确职责，为水利工程的管理以及养护创造条件。水利工程与人们的日常生活有着极为密切的联系，对我国经济发展也有着重要作用。因此从原则上来说，水利工程的管理应该由国务院的相关部门所负责。对于跨省水利工程，相关行政部门也应该积极地承担起自己的管理职责，为水利工程管理工作的开展创造条件。另外，各个水利工程管理部门要严格地执行政企分开的理念，使水利工程管理部门的职责得以明确，最大程度地确保水利工程管理的每一个环节都能有具体部门对其进行负责，提升水利工程管理水平。
2.2积极推进管养分离
目前水利工程管理体制存在的缺陷性是水利工程管理运作过程中最突出的问题之一，因此在对水利工程管理运作模式进行改革的过程中，相关部门必须加强管养分离措施的推进。在管养分离措施实施时，最需要保证的就是权责分配的合理性，只有把管理层和决策层的权责分开才能够最大程度地保证水利工程管理机构内部资金流通合理，从根源上缓解水管部门的损失状况。另外，水利工程管理机构必须加强员工道德观的建设以及其综合能力的提升，加强水管部门的内部控制，使水管部门各个岗位能够随时处于被牵制的状态，从而最大程度地保证水利工程管理运作顺利进行。
2.3科学制定水价制度
水费收费标准制定不合理是导致水管部门盈利空间小的最主要因素，因此，相关部门必须保证水费收费制度的合理性。在制定水费标准时，相关部门要根据相关的用水性质合理地对水价中所含有的供水成本比例进行调整，尽可能地保证水利工程管理部门的管理与市场经济挂钩，为水利工程管理企业的进一步发展创造条件。
3结语
随着时代的不断进步，传统的水利工程管理方法已经不能够满足于现代化要求，这对我国水利工程管理机构的发展有着极为重要的影响。因此加强对水利工程管理运作模式的改革，促进水利工程管理理念以及体制的更新，对于提升水利工程管理水平以及提高水利工程管理企业的利润和推动进一步发展有着极为重要意义。