一、小型农田水利工程在建设中存在的问题
首先，在工程的设计上，有许多偷工减料的行为，设计人员不断深入研究招标设计和施工的详细设计，不只是单纯的结构图和工程量，以及工程计算，还是设计方案的补充和完善，更是下一步的深入证实。但是，在实际的小型农田水利工程设计中，设计的人员及单位并不根据实际的情况进行对比和分析，只是一味按照设计的方案进行，缺乏技术与经济的观念。招标设计没有深度和研究的差别，更没有设计的优化性。当进行施工详细图的设计以后，因为有业主的涉及，设计者及相关单位才会根据方案比较，使最后设计的详细图在很多地方都有所修改。
其次，在工程施工时，保证水利工程质量与水利设施的寿命及效益之间有很大的联系。虽然水利工程在管理上有了许多进步，但是在施工中依然存在制度与体系的不完全等问题影响着水利工程的质量建设。因此，必须采取有效的措施对施工的质量与管理水平进行提高。在合同管理上，水利工程维修养护以农田水利工程为例是指为保持堤塘工程及附属设施的完整所进行的预防性保养和轻微损坏部分的修补，同时包括工况检查、河势及工程监控观测、保洁、绿化植物修剪、塘前滩地监控测量及害堤动物防治等工作。
在现阶段水利工程维修养护市场未成熟与目前社会物业企业还不具备承担全部维修养护项目能力的情况下，当前各管理单位只能把一些专业性、技术性不是太强的项目如工程修补与修复、堤塘日常保洁、堤塘绿化养护等工作对外物业发包，一些专业性、技术性要求较高的项目如沉降观测、变形监测、隐患探测、安全鉴定等另外委托专业单位实施。这里所说的维修养护物业合同内容主要指（农田水利工程）管理范围的农田水利工程管理范围内的保洁，绿化养护，农田水利工程堤脚、坡面、道路、界墙等部位的零星小修小补三块日常性工作。
最后，在管理与产权上，因为没有足够的财力投入，使管理的资金费用不足，机构因此也不完善，导致小型水利工程在完成以后，管理不能得到维护而出现问题。自从实行家庭承包后，管理的体制不再是集体管理，而是个人管理，水利工程缺少了主体和政府越位，个体与集体相矛盾，使集体工程被利用却没管理。因此，引起被损坏、老化等现象，逐步影响到人们的生活与生产。
二、小型农田水利工程在管理中存在的问题
首先，在权责上管理不明确，导致农民的参与性差，针对建设好的小型农田水利工程，在管理上的粗放，使水利工程的维修及改造缺乏必要性，不仅存在没有设立专门的监督水利工程部门的问题，还使工程出现严重的老化及失修，停机或是不能正常运行，以及漏水和生锈等问题。尽管农民有参与到小型农田水利工程的管理，但是因为管理体制的不完善，使农民的参与性都不高。农民们没有将水利工程的建设和自身利益联系，并且无法积极参与到工程的管理中，水利组织都是自愿或安排参加，很少出现选举，更加缺少在管理上的监督。
采用总价承包这种方式，承包商承担了全部风险，报价中不可预见风险较高。在农田水利工程物业承包中尤其如此，由于零星维修概算限价是管理单位或代理机构根据上一合同期实际来预估的，在现实情况下，由于受天气、潮洪水、周边环境等的影响，谁也无法精确计算下一合同期所辖农田水利工程需要日常小修的项目与工程量。因此，承包商报价时必须考虑项目概算是否估足，外界环境会否对项目投入带来较大影响等因素，便于把风险控制在一定范围内。
其次，管理的效率低，并且运营管理也不符合要求。因为水利工程管理属于单一的运营方式，并且管理的组织不够完善，以及职能不到位等，导致小型农田水利工程在管理上效率低，无法激发工作人员的工作兴趣，不能确保工程的正常运行。
在灌水与排水道及农村的河道工程上得到落实的管理很少，并且小型或小型以下的水库工程并没有设置管理机构，大多都是由乡、村中的专管员管理，渠道则由农民自己管理。还有少数部分水利工程是无人管理。不仅影响了管理人员对水利事业失去信心，还影响了水利的效益与职能，逐渐形成了一种只建设不管理，以及重在建设却轻视管理重要作用的状况。在建设水利工程的时候，不重视完成后的维护工作，没有落实管理机构和费用，影响了水利工程管理的正常运行。
最后，较低的业务水平及维护意识的缺乏，在小型农田水利工程进行管理的时候，由于水利工作人员技术的差异与较低的业务水平，使工程的监管责任多由上级单位负责，工作人员在思想上就产生了懒惰，在思想上偏向于建设，轻视了管理，忽略了对管理水平的提高，导致整体的管理水平落后。因为水利工作人员多进行的是传达性工作，缺乏深造的时间和实践经验。在建设初期没有考虑好日后的管理，建成后正对管理的人员、经费、设施等问题都无法满足，缺乏维护的意识。
三、小型农田水利建设和管理的对策
首先，建立完善的管理程序集规划审批制度，转变以往的观念，激发农民参与的积极性。小型农田水利工程拥有广泛的内容进行完善管理的程序，按照申请规划的审批制度，科学的进行管理和宣传，做好前提工作，利用合理的资源，使小型农田水利工程规范化发挥最大的效益。
水利建设是经济的设施基础，打好基础与保证，是水利部门必须贯彻和落实的。对管理的政策和方针进行改革与完善是目前必须实行的。建设和管理之间有着相互的联系，前者是后者的开始，后者是前者的蔓延，转变以往的观念，将重点放在水利管理上，激发工作人员和农民的积极性，突破问题做好引导和监督，以及扶持和服务。以谁投资和谁收益，以及谁所有的原则吸取社会资金的投入，政府也要在政策和资金，以及法律上赋予保障与支持。