长期以来，农田水利工程建设与管理一直处于弱势。建立健全的农田水利建设体系和完善的管理措施，实现农村水利工程和谐建设、自主管理和可持续利用，改善农业生产条件和农村基础设施，是今后农田水利工程建设与管理的发展方向。
一、农田水利工程建设与管理中存在的主要问题
1、工程建设前期规划不够深入，部门配合意识不强
工程建设存在很大的盲目性、随意性，导致在工程技术、合理开发和社会经济效益等诸多方面不能互相兼顾。如某小型水库灌溉涵管漏水，在没有专家认证前，乡（镇）政府拿出资金进行维修，多年来，没有从根本上解决漏水问题，致使枯水季节缺水灌溉，丰水期，水泛成害。工程重复建设多、半拉子工程多以及工程纠纷多。造成了规划无序、施工无质、管理无度、科技含量低，存在很多工程隐患，如某乡（镇）田间灌溉渠道工程，属于农业开发项目，农综办负责管理，但没有配备专职管理人员，造成工程工期伸长，完工后无人过问，该渠道内沉积大量淤泥。
2、基本农田水利设施不被重视
一方面，国家每年的水利投入都进入到了大工程，但对农民帮助最大的其实是“小农水”，这对山区农田很重要，大旱旱情不在城市，而在农村、山区，这是因为“小农水”缺水。但目前在资金投入和水利建设方面，水利部门往往出于经济效益的考虑，更加关注的是大型水利设施的建设和城市、工业用水的保障，对于农业用水缺乏投入。而地方政府同样因为农田水利投资创造的gdp太低而不愿意把钱花在这方面，有钱去搞工业、搞房地产建设，赚钱来得比农田水利快多了。另一方面，农民自己也不愿意独自去投入，粮食是“望天收”，农田水利设施需要集体行动，不是一家一户可以做的，做起来了，也不是一家一户去使用的。所以很多农村的沟、塘、渠、堰都是在三四十年前建起来的。但自从分田到户以后，这些设施的建设和维护就没有人管了，尤其是推进农村税费改革后，取消了原有的“两工”（农村劳动积累工和义务工），原有的农田水利设施就更是被荒废了。在此之前，国家的农田水利基础设施都是通过“两工”体系来提供，农民在农闲时可以投入到农田水利修建中，至少可以保证水渠维护，但取消“两工”后，没有了相应的替代机制，农村水利公共投入就缺失了一块。
3、因产权制度改革不规范带来的问题开始显现
对小型农田水利工程管理造成不同程度影响。调查中发现，一些小型农田水利工程实行租赁、承包、拍卖后，由于合同规定事项不周全、缺乏对经营业主必要的限制性措施，操作程序不规范，有的一卖了之，收了钱就不管工程管的好坏；有的业主只注重经营管理，不重视工程管理；有的业主不履行合同义务甚至违约，弃置不管；还有的工程运用不合理，造成了水质污染，引起了许多新的矛盾和问题。4、基层水利管理单位自身能力建设薄弱，急需加强
由于乡镇机构改革，乡镇水利站并入了农业综合服务中心，多数过去由乡镇水利站管理的小型水库灌区，现如今只有一、两名同志负责水利工作，且业务不固定，很难管理面广量大的小型农田水利工程。原来雇用的临时管理人员因工资无着落，大都回家，有相当部分小型水利工程处于无人管理的状态。比较利益低使农田水利修建等社会动员机制难以启用。从社会资源动员角度看，缺乏有效的动员机制，资金来源单一，筹资困难。目前我国农村农田水利设施的投入主体依然是以政府为主，很难形成一种有效机制来调动农民自身的资源投入，以及其它社会资源的参与。在目前县乡地方财政普遍吃紧的投入约束下，这不能不说是一个亟待解决的严重问题。
二、农田水利建设与管理工作的重点和方向
农田水利工作要围绕农业增效、农民增收，利用水资源优势和水务一体化优势，确立安全、资源、环境协调发展，不断完善防洪保安、水环境保护、水资源配置和农业灌溉安全体系，发挥即提高产业层次、提高安全可靠性、提高景观水平、提高水资源科学利用程度、提高人民生活质量。今后，农田水利建设的重点是防洪除涝、节水灌溉、河道清淤、圩区治理以及农村水污染防治、水资源保护，推广有效益的技术项目，搞好技术示范工作.水利工程的建设以后要统一规划，统一建设，节约资金，提高效益，不仅仅要发挥水利工程的保水，蓄水，调水，防汛抗旱功能，还要有观赏价值，比如而我镇70年代修建的渡槽，不仅发挥了重要的度水功能，更是全镇的代表景观.
1.积极推广节水灌溉技术
实施节水灌溉是促进农业结构调整的必要保障.加大农业节水力度、减少灌溉用水损失，也是增加农业收入主要途径，并且对于解决农业面污染，转变农业生产方式，提高农业生产力，是一项必然的革命性措施，必须摆在农田水利建设的突出位置.要加大节水设施与节水技术的推广力度，扶持节水灌溉典型，完善防渗渠系配套，在有条件的地区发展喷、滴灌工程，重点发展浅湿灌溉技术，有条件的地方对主干渠道逐步实现衬砌化，支渠全部硬化.
2.努力提高农田灌排标准
随着农业结构调整的不断深入，对农田灌溉、排涝、降渍水平提出了越来越高的要求，加强对灌、排、降技术的改良已经迫在眉睫。今后农田水利基本建设要适应农业结构调整的需要，切实提高供水保证率和农田排涝能力的标准，才能更好地为农业生产提供高标准的灌排服务。同时加强农业产业结构的规划研究，以利于农田水利配套设施发挥更好的作用。
3.加大农村水环境治理力度
水污染带来的水环境恶化、水质破坏问题日益严重，给水产养殖带来了严重影响，水产品大面积死亡的现象时有发生；同时树木的滥砍滥伐，植被的过度开垦导致水土严重流失影响了农村的生态环境。加强农村水环境治理，保护农村水资源，改善农村居民生活条件，创造良好的水生态环境，才能与社会的和谐发展相辅相成.