水生植物在园林景观、河道治理、人造湿地和湿地保护工程中得到了广泛应用，本文就常水位、波浪及种植土等水生植物施工中的难点问题进行讨论。
常水位问题
从事园林工程施工作业人员对水位问题往往职业敏感性较差，没有引起足够重视。殊不知，许多水生植物种植后大面积死亡，其中一个重要原因是水位控制得不好。种植施工作业时，由于项目尚未竣工水体没有完全蓄水，或在春天枯水期，水位往往偏低。施工管理人员通常认为水生植物不能离开水，水深一点浅一点无所谓，常把水生植物种植在设计等深线以下或等高线以上。到蓄水时或水位涨到常水位时，由于种得太深，挺水植物被“淹死”，浮叶植物叶子浮不出水面被“闷死”，沉水植物因水深光照过弱而“饿死”；或由于种得离常水位线高出过多，挺水植物被“旱死”。可见常水位线是水生植物的生命线，在实际施工作业时对常水位线要给予足够的重视。建议在种植施工放样前先用水准仪在现场确定出常水位线，在植物配置时把各种植物的水深适应性作为硬指标来考虑。
波浪问题
江、河、湖岸浪蚀是这些水体顺向演替的自然过程，浪蚀淤积也是影响这些水体寿命的重要因素。在自然界随着水体的演替，岸坡趋缓并沉积土壤，为水生植物的生存繁衍创造了条件，植物的生长减缓了水岸的侵蚀，是演替的阻力，但植物体的腐烂沉积、水中有机质含量的大幅度提高，丰富了水体营养，提高了水体生物量，从这个角度说水生植物对整个水体的演替是有贡献的。
人们在水体岸边种植水生植物的一个重要作用是减缓波浪对岸线的侵蚀，保证正常的水体环境。水生植物自然成了固岸和浪蚀这对矛盾的焦点。
商住区和公共绿地内部的小水系一般来说范围小、禁航、水流缓慢，对岸线冲刷、侵蚀较小，对水生植物的种植生长影响不大。江河湖泊等水体由于风浪、船形波或水流急速冲刷给水生植物的种植、生存带来很大困难。如风浪和船形波将会直接或通过堤岸反射，强烈地直接拍打或摇动植物体，从而使植物叶片破碎、茎被折断，甚至植物体被连根拔起，影响植物的生长甚或导致其死亡。因此种植时要强加考察，根据波浪特点在种植时采取相应的消浪、护岸加固技术措施，待水生植物恢复后挺水植物能起到一定的消浪作用，它的根系也能起到一定的护坡固岸作用。
消浪固岸根据不同岸线和波浪强度等可采用不同形式。对于开阔湖泊，迎风岸、波浪高的岸线可考虑使用消浪钵，但消浪钵离岸边距离应当在150米以内。对于湖面小，波浪不大的岸线可采用松木桩、毛竹桩，它们既消浪又固岸，是较好的选择。也可和园林景观相结合采用岸线叠石处理，叠石错落有致，既满足园林景观需要也能消浪和固岸，但造价偏高，占水系面积较大，对行洪可能会产生一定影响。
种植土问题
种植土是除浮水植物以外水生植物赖以生存的养分来源，对挺水植物来说又是支撑植物体的基础。水生植物对种植土的要求是以满足上述两项功能来确定。一般来说原水体的淤泥是较为理想的种植土，对新开挖的人造湿地可结合周边河流湖泊清淤填淤，如淤泥难以采办，在南方可用水稻田的表层土，在北方如缺水稻田也可选用肥力较高旱地耕作层土。对粘性重的种植土回填后要给予一定时间的沉降、硬化。对浪大和硬质堤坝的岸线要注意，回填的种植土极易被波浪侵蚀掉。在原有水体中种植水生植物时也要考虑底泥的发育问题，种植前一定要到水里探查底泥情况。迎风岸、硬质堤坝岸边的底泥易被侵蚀，往往缺少软性底泥的发育，这对种植水生植物极为不利，应先行采用消浪措施，减少波浪，然后再回填种植土，才能种植。