由于火龙果为野生植物，且驯化未久，没有特定的病虫害。到现在还未发现致命的虫害。疾病方面，会因移植或外伤后抵御能力变弱而感染病菌或病毒，但未曾发现局部或全面流行的传染性疾病。在虫害方面，枝条生长时期嫩芽会被害虫啃食，但由于植株的嫩芽在极短时间内抽生较多，又生长迅速(每天可长2厘米以上)，害虫啃食的极为有限，不会影响枝条的生长。
火龙果几种常见的病虫害防治方法介绍如下
一、火龙果幼苗及枝条生长阶段：
此阶段正是火龙果枝条生长、营养积累、为开花结果贮备养分的阶段，此时枝条外皮较薄，柔嫩多汁，蜗牛、蛞蝓等软体动物容易造成危害，啃食嫩枝条，对火龙果枝条生长不利。因此，此时应防蜗牛、蛞蝓等软体动物为害，防治方法为在树头撒石灰、火灰或用毒饵诱杀。
在幼苗生长期毛虫喜食嫩枝，特别是嫩芽，若此时生长点被吃掉植株就会停止生长。防治方法可在地上撒播小白菜种子，引诱蝴蝶在小白菜上产卵，使火龙果嫩芽免于受害。
若毛虫发生严重时，可用杀虫剂杀除。一般在花芽和新梢抽出3厘米左右开始喷药，药剂有90％敌百虫或80％敌敌畏加40％乐果各1000倍液，20％杀灭菊酯或2.5％溴氰菊酯2000～3000倍液，50％稻丰散1000倍液。7～10天1次，连喷2～3次。
二、火龙果转色期：
当火龙果果皮转红果实成熟时，果蝇会产卵在将成熟的果实表皮内，孵化后幼虫取食果肉，导致裂果、烂果，被害果表面完好，细看有虫孔，手按有汁液流出，切开果肉已腐烂，有许多蛆虫。
防治方法为冬季或早春松翻园土，减少冬期虫口基数；虫盛发期，夜间用拟除虫菊酯类农药2000倍液或90％敌百虫800倍液加3％～5％的红糖喷洒树冠，7天1次，连喷3次；也可将浸过97％甲基丁香酚加3％二溴磷溶液(按95：5的比例配成)的蔗渣纤维方块(57毫米×57毫米×10毫米)悬挂于树上，每平方米悬挂50块，每月挂2次，可诱杀雄成虫。果实发育中期可袋套果，以防止成虫产卵。