在一定区域范围内采取法律、经济、行政以及其他技术手段，并且按照土地的用途和规划目标的不同，对土地利用状况进行调整、改造，以实现土地利用率的提升、改善生态环境的这一过程被称作土地整理。土地整理的内涵在于利用行之有效的方法来实现原有土地格局和利用方式的改善，提高土地的产出率和利用率，实现土地生态系统功能的完善，最终实现土地的可持续利用。
1.土地整理过程中的生态环境保护问题
鉴于我国土地整体仍旧处于初级阶段的情况，我们仍以提高土地产出率为主要目的，虽然大多数的整理项目是为了增加耕地而积，维持耕地总量的平衡，但是已经开始对生态环境保护工作予以了一定程度的关注，已经开始大面积背造防护林，这对于生态环境的恶化起到了一定程度的遏制作用。
1.1 单一作物破坏了生态平衡
大规模进行土地平整，虽然大幅度增加了耕地面积，并且实现了垦殖率的提升，但是这一过程也导致了原生、次生自然植被大规模减少和退化。农作物过于单一破坏了原有的生态平衡，在这种情况下一旦发生大规模病虫害，很容易导致受灾区域的急剧扩大，此外单一作物还会减少野生动植物资源的生存空间。
1.2 对水资源产生了不良的影响
由于大量耕地的开垦，需要新建农田水利工程，虽然会增加粮食产出，但是水资源的需求量也大幅度攀升，这就会改变地表水系的网络结构，会对水环境产生不利的影响。此外，由于需要大量修建道路和水渠，虽然减少了除草和维护渠道等工作内容，但是却会影响涵养水源，易造成洪水寅宣泄。部分地区由于梯田建设不当，导致土壤过分侵蚀，很容易阻碍流域水源的补给过程。
新疆维吾尔自治区水资源总量原本就不充足，特别是随着耕地面积的急剧增长，对水资源的需求急剧攀升，造成了巨大的压力，这样的开垦工作不仅会延缓农业经济的发展，主要会造成水土流失问题的加剧，破坏原本已经非常脆弱的生态环境，带来生态环境恶化后果，例如沙尘频繁发生。
1.3 分析评价论证不足
在进行土地整理项目规划和专项规划设计时要对土地整理可能产生的影响进行全方位的研究和论证，并且由于我国现缺少一套完整可行的生态绩效评价体系，因此说土地生态环境评估工作很难落到实处。特別是部分工作人员为了保证耕地总量的动态平衡，过分追求土地整理数量，却对土地整理的质量以及对生态环境造成的影响缺乏足够的关注。
1.4 生态系统结构趋于简化
在进行农田灌溉及排水渠道的修筑时，为了减少项目投资，并且为了提高设施的耐用度，经常将沟渠建成直线形状。特别是在部分经济发达地区为了追求土地整理的品味与结构，大量铺设混凝土沟渠和路面。这样不仅无法涵养水源，还加速了地表水土流失，并且还无法寄养水中生物，无法发挥水生物的自净能力。此外，由于非灌溉期间水渠内不存水，更是恶化了沟渠附近的水环境。
2.土地整理过程中的生态环境保护对策
2.1 建立、确定评价指标
在进行土地整理的过程中我们一定要进行科学的生态环境管理，建立符合当地实际情况的评价体系。建立评价体系的核心就是明确评价指标，这样不仅可以对生态环境监控指标进行量化，将土地整理对环境的影响有一个明确的认识，此外还要通过恰当的经济、行政和法律措施来提高土地整理对生态环境的保护作用。
2.2 处理好“质”与“量”的关系
为了实现土地利用率的充分提高以及土地结构的优化，我们应采取多项有效措施，来协调、缓解人与地的矛盾。这样才能够在提高土地利用率的同时，充分发挥土地的生产能力，并且实现了保护生态环境的目的。作为自然地产物，土地质量的提高必须遵循规律，充分考虑到各生态因素的平衡、生态系统的物质循环、土地生态系统与其他环境系统的关系，在此基础上进采取适宜的生物和工程技术。
我们以新疆地区为例，作为典型的干旱气候，有充足的水资源才能够保证农业的发展，因此我们不能言目的进行开荒造田，应对水资源进行全面布局，以水为龙头，在保护生态环境的基础上，进行农业土地整理工作，这样才能够在提高土地利用程度的同时，改善农业生产条件。
2.3 保护生物多样性
通过大量的研究，已经发现能保持农业生态系统的非目标生物多样性，能够在促进养分循环、防止土壤流失、提髙土地产出量、保护土壤有益生物、减少环境污染等方面有着积极的作用。鉴于人们在农业区域进行生产，因此就无法像建立自然保护区那样来保护生物多样性，因此说在少影响或者不影响农业生产力的前提下，我们必须加大对生物多样性的保护与利用。
2.4 实施景观生态规划
地球表面土壤、气候、生物以及地貌构成了地表景观。因此在土地整理的过程中，我们不能仅将目光放在土地调整、改造方面，还要对土地按照景观生态学的相关理论进行综合规划。例如：将田间两边的灌木林和防护林为单独的林块提供通道，在小溪和池塘边种植树木降低水温等。
3.结语
综上所述，为了保证土地整理对于土地资源的合理利用和分配，我们应尽快在原有的农业生态系统中引入新的负反馈机制，保证系统的稳定性，实现系统中总体生产力的不断提升，最终实现生态效益和经济效益的共同增长。