在合同的签订和履行过程中，围绕工程质量、工期、价款三大核心问题，建筑施工企业常常遇到工期延误、发包人故意拖延不结算等合同风险。
风险一：施工图、洽商资料等收集、保管不力，丢失而导致的结算风险
在《建设工程施工合同》履行过程中，承包人一定要派专员负责收集、保管发包人、监理工程师发来的有关工程洽商、变更的文件、协议、通知等书面资料和施工图纸，因为，这些都视为备案合同的组成部分和补充。否则，将会增大承包人工程款的结算风险。
例如，某大型施工企业，为北京某房地产开发公司建造一幢30层的高档商品住宅，双方签订了书面的施工合同。竣工结算产生纠纷，施工企业认为：原合同 1400元每平方包干，现在严重亏损，因为原来是粗装修。施工过程中，开发公司不断提高装饰部分的设计标准，成品是精装修，所以要按1900元每平方结算。开发公司认为：原合同承包价就是精装修，不存在从粗装修变更为精装修的重大变更，部分小的变更是有的，因此，拒绝大幅度调价。本案的关键之一是建筑企业要拿出签订承包合同时的施工图，来证明在签订合同时施工范围是粗装，现在竣工是精装。但是，施工企业称：当初的施工图在施工中已自然磨损了，现在手中没有；开发公司却称：当初的设计与现在的竣工图是一致的，而且我方没有提交施工图的义务。承包人律师到政府相关部门调取施工图时，得到的答复却是：由于该工程性质是民资，所以备案时要求不严，资料上交不全，施工图未存。由此导致该施工企业至今未能解决该工程的结算纠纷。
防范对策：承包人应派专人、负责收集、保管与施工相关的所有图纸，设计变更资料、洽商文件、会议纪要、通知等，一切由发包人和监理工程师签发的来往手续，均应妥善保管，以防丢失。因为，这些都是维护承包人合法权益的重要证据。
风险二：发包人派驻施工场地履行合同的代表、监理工程师频繁变动的风险
由于《建设工程施工合同》履行期限长、双方来往手续多等合同本身的特点，在合同的履行过程中，原备案合同中注明的发包人派驻施工现场履行合同的代表、以及监理工程师，中途往往发生人员变动。上述人员变动时，发包人往往仅口头通知承包人。当竣工结算产生纠纷时，承包人手持仅有个人签名而无发包人或监理单位盖章的文件，要求增加工程款或要求工期顺延时，却遭发包人的刁难拒绝。此时，举证责任就转移到承包人，承包人要举证证明在相关文件上的签名者，系发包人所派的现场代表，或系监理单位新派的监理工程师，否则，该文件的有效性不能确认。此节势必增加了承包人的举证难度，导致承包人的合法利益往往受损。据笔者所知，标的越大的建筑工程，特别是发包人系开发公司的情形，上述人员的变动频率越高。
防范对策：化解此风险的对策很简单，即在发包人派驻工地代表人员每次变动时，承包人应及时向对方索要《人员变动通知书》，并要求对方加盖单位印章。
风险三：工期延误的风险
工期延误，往往是发包人对付承包人企图少付、拖付工程款的惯用手段。《建设工程施工合同》示范文本通用条款第13.1条规定，因7种原因之一造成工期延误的，经工程师确认，工期相应顺延。其中“发包人未能按约定日期支付工程预付款、进度款，致使施工不能正常进行”，工期应顺延。但该条在实践中往往发生争议。
如：江苏某公司给北京某开发公司施工一幢商住综合楼。中途，承包人主张：开发公司多次不及时支付进度款，致使无法施工，遂停工。发包人主张：施工企业多报已完成工程量，属多报进度款，我们当然要审核扣减。争议的焦点变成，究竟是施工企业多报当月已完成工程量，还是开发公司拖延支付进度款？众所周知，施工进程是一个变动的动态过程，承包人在日后纠纷时，要举证证明每月实际完成的工程量是属实的，才能证明发包人故意扣减、不及时支付进度款的违约行为是客观存在的，由此产生的工期延长对于承包人来说，才能免责。
防范对策：承包人在月底报送当月已完成工程量时，可同时用摄像器材对建筑物施工进度状况进行拍摄，固定证据。一旦产生纠纷，承包人可用该视听资料作为证据，证明承包人的施工进度和发包人不及时给付进度款的违约行为存在，从而证明工程延期系发包人不及时给付进度款所致，承包人不应承担工期延误的责任。
风险四：约定逾期竣工违约金的风险
在《建设工程施工合同》中，发包人往往要求订立“工程逾期竣工一天，承包人承担违约金一万元”的条款，以约束承包人。这样的逾期竣工违约金条款，并不能说是无效的。发包人往往用追索承包人逾期竣工违约金来抵冲、对抗承包人索要工程的请求。例如，江苏油田某施工企业给某洗浴中心装饰合同纠纷中，逾期竣工 108天，发包人要求追究施工企业违约金108万元，并用此冲抵应付的工程价款。
防范对策：为了避免承担高额的逾期竣工违约金，除了注意抓施工进度、避免出现工期因承包人自身原因延误外，可以在合同中确定一个违约金最高限额；比如，约定承包人应承担的违约金以不超过工程总价款的百分之三为限。
风险五：工程设计变更引起的工程价款调增却得不到保护的风险
在合同履行中，工程设计变更是常事；因工程的设计变更，势必引起工程价款的变动，但是，由于合同中程序性条款，往往导致承包人得不到因工程设计变更而本应相应调增的那部分价款。其原因是，示范合同文本通用条款第31.2条规定，承包人在双方确定变更后14天内不向工程师提出变更工程价款报告时，视为该项设计变更不涉及合同价款的变更。由于承包人未充分注意此条款，施工中只知道按新的设计去施工，却未及时提出变更价款书面要求。等到竣工结算再提出时，已超过合同约定期限，不诚实的发包人往往抓住此点对此部分调增的工程价款不予支付，造成承包人的损失。
防范对策：可在设计变更确定后14日内及时向发包人提交变更工程价款的报告，并要求对方签收；也可以在合同专用条款中约定：关于因设计变更引起的价款调增部分，承包人可以在竣工结算时一并提出变更工程价款的要求。
风险六：挂靠的项目经理将工程款挪作他用，或虚列成本，给承包人带来的风险
实践中，往往存在这一现象：项目经理通过一份内部承包协议，挂靠在某大型施工企业名下，项目经理自找工程，自己组织施工，定比例上交管理费，以大型施工企业名义与发包人签约。因此，时常出现项目经理将业主给付的甲工程的工程款，挪作他用到其他项目中，而不及时支付工人工资和材料商的材料款，甚至虚列生产成本，故意造成严重亏损，导致材料商纷纷起诉总公司索要债务。一份内部承包协议，已无法约束这些挂靠的项目经理。施工企业为了维护自身来之不易的声誉和施工资质，不得不先垫资偿还材料商的材料款和工人工资。
防范对策：施工企业应与挂靠项目经理签订正式规范的劳动合同，并依法为其办理养老保险手续，使企业与该项目经理之间建立名符其实的劳动关系；同时完善企业内部承包合同条款，明确项目经理有如实列支生产成本，不得挪用工程资金等义务。明确只有在如实支出各项生产成本之后，若有盈余，项目经理才有权自主分配。上述条件具备后，如果项目经理仍发生挪用工程款等行为，施工企业可以向公安机关报案，以追究其刑事责任。在可通过刑法的手段、保护施工企业合法权益的情形下，项目经理依法办事的意识定会大大加强。
风险七：发包人故意拖延不结算的风险
发包人拖欠工程款的现象非常严重！其中，发包人是房地产开发公司时，拖欠工程款的情形更加严重！引起工程款拖欠的原因之一，是承包人故意拖延结算。开发公司为什么能够长期拖延不结算呢？原因是双方履行《建设工程施工合同》时，是按照：工程竣工验收→交付房屋→竣工结算的程序进行的，按此程序，在竣工结算时，开发公司已实际收到了房屋，因此一个月内能结算完的工程可拖到一年结算完，这对开发公司来说只有好处，没有坏处！
例如，某施工企业为北京一大型房地产开发公司建设一别墅群，工程竣工验收合格后，承包人就交付了工程，其后的竣工结算拖了两年，也没有结算完。开发公司经常换人来应付结算，开发公司负责结算的人员一周仅出面一次，对几笔钢材账，其他时间找不到人，这明显是故意拖延！对施工企业单方结算报告，开发公司采取只收但不签字的方法。
防范对策：根据《合同法》第279条以及示范文本第32条、第33条约定，承包人应弄清：工程竣工验收→竣工结算→给付结算价款 →交付工程四个阶段的先后时间关系，并严格按此程序履行合同：第一，工程竣工验收合格后，及时向发包人提交单方结算报告书，进入竣工结算程序，而不是马上交付工程。第二，承包人的单方结算报告书一定要交由发包人有权代表签收；承包人的单方结算报告书交给发包人后，28天不予答复的，发包人构成违约。第三，如果双方形成一致结算结论后，承包人有权要求对方按约定付清除质保金以外的所有工程款。发包人不付款，承包人无义务交房。第四，在合同中只约定工程竣工时间，不约定交付工程时间。以上方法，在一定程度上能遏制发包人拖延不结算的故意。
除此以外，承包人还可能面临工程质量风险、违法转包工程风险、签订阴阳合同的风险等等，在此不再一一列举。总而言之，承包人作为建设工程施工合同的一方当事人，应当把好合同签订关、合同履行关、合同竣工结算关，依法、依约规范自己的行为和对方的行为，善于用法律武器及时有效维护自己的合法权益