在施工合同中，我们往往会自觉或不自觉地将总包管理费和总包配合费概念混淆，可能造成许多不必要的法律纠纷。那么究竟什么是总包管理费，什么又是总包配合费呢？
所谓总包管理费，根据《建筑法》第二十九条规定：“建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位；但是，除总承包合同中约定的分包外，必须经建设单位认可。”如果当总承包人要求发包人同意其分包时，发包人往往要求总承包人同意由其直接与分包人结算，并约定以分包工程价款的一定比例向总承包人支付总包管理费。此时总承包单位收取的是名符其实的总包管理费。
所谓总包配合费，根据《合同法》第二百八十三条规定，发包人除具有按时足额支付工程价款的法定义务外，还应承担向承包人提供符合要求的施工条件的义务。因此，当发包人采取总包加平行发包模式时，也就是我们一般所说的由发包人指定直接发包的专业工程项目，其施工条件往往需要总承包人配合才能满足，此时，发包人会与总承包人签订就总包人提供的配合工作（例如脚手架、垂直运输等）而约定双方的权利和义务。总承包人在切实提供了这些配合工作后，向发包人收取的一定费用，有时双方在合同约定中往往也将其称之为总包管理费，但是，其实质是收取的是总包配合费。
总包管理费与总包配合费所约定的主体和取费的形式相同并且取费比例相近，所以，在实际工作中，往往二者容易混淆，甚至正好相反，以至于当需要配合的专业工程项目质量或工期出现问题时，发包人往往要求收取“总包管理费”的总承包人承担连带责任。其实对此应该明确加以区别的，总承包人收取总包管理费与总包配合费二者的主要区别是：总承包人对该专业工程项目是否有发包权，若有，则对该专业工程项目有管理的义务，则收取的费用无论如何，其性质是总包管理费，若无，则对该专业工程项目无管理的义务，其性质仅是总包配合费。
《合同法》第二百七十二条第二款规定：“总承包人或者勘察、设计、施工承包人经发包人同意，可以将自己承包的部分工作交由第三人完成。第三人就其完成的工作成果与总承包人或者勘察、设计、施工承包人向发包人承担连带责任。”《建设工程质量管理条例》第二十七条规定：“总承包单位依法将建设工程分包给其他单位的，分包单位应当按照分包合同的约定对其分包工程的质量向总承包单位负责，总承包单位与分包单位对分包工程的质量承担连带责任。”因此，如果收取的费用性质属于总包管理费，当专业工程项目出现质量、进度、安全等问题，总包人与分包人应共同向发包人承担连带责任。如果收取的费用性质是总包配合费，当专业工程项目出现质量、进度、安全等问题，则总承包人仅对履行配合义务的瑕疵承担责任，而不存在与专业工程施工单位共同向发包人承担连带责任。
根据上述分析，我们可以清楚地知道，当总承包人具有发包权时，总承包人就必须对分包工程负有管理的义务，所收取的费用就是总包管理费，而这时总包管理费收取的对象应该是分包人而非发包人，总承包人如果收取了总包管理费，就必须与分包工程的分包人共同就分包工程的质量、进度、安全等对发包人承担连带责任；当总承包人不具有发包权时，总承包人就无须对分包工程负有管理的义务，所收取的费用就是总包配合费，而这时总包配合费收取的对象应该是发包人而非分包人，总包人如果只收取总包配合费就无需与分包工程质量、进度、安全等承担连带责任，仅对履行配合义务的瑕疵承担责任；而当发包人就总包加平行发包模式（指定分包）约定，总承包人既收取了总包管理费，又收取了总包配合费时，那就要求总承包人不仅要对分包工程质量、进度、安全等承担连带责任，还要切实做好对分包工程的所有配合工作，同时也不能再向分包人另行收取总包管理费了。