一、工期延误违约责任的认定处理
如工程未能在合同约定的期限内竣工，发包方会要求承包方承担工期违约责任，承包方会要求发包方赔偿其停工、窝工损失。审判实践中遇到的主要问题是：承包方因发包方在施工过程中未按合同约定支付工程进度款或提供原材料、设备、场地、技术资料而主张工期顺延权，即其针对发包方的先履行抗辩权能否得到支持?依照《合同法》第283条的规定，承包人可以顺延工期，即享有工期顺延权。
但是，当事人常常在合同中就上述情况约定了承包方应当办理工期顺延签证。如果在实际履行中承包方没有办理工期顺延签证怎么办?由于目前建筑市场发包方处于强势，承包方往往在施工过程中很难办到工期顺延的签证。在这种情况下，如果承包方能够举证证明其在办理签证的期限内向发包方提出了顺延工期的要求，或者其能举证证明发包方迟延支付工程款情节较为严重而影响了施工进度的，那么对其工期顺延权主张应予以支持；如果承包方不能举证证明其提出过工期顺延的要求，且发包人迟延支付工程款情节较轻并不必然导致工程进度延误的，则不认定承包方享有工期顺延权。因发包方迟延支付工程进度款而认定承包方享有工期顺延权的，一般工期顺延的期限应当顺延至发包方付清进度款之日止。
对于发包方未按合同约定提供原材料、设备、场地、技术资料，承包方未按合同约定办理工期顺延签证，承包方在诉讼中主张工期顺延权的，因发包方未按合同约定提供施工所用原材料、设备、场地、技术资料，承包方就无法进行施工，必然导致工期延误，此情况下应支持承包方的工期顺延权请求。
二、工程质量责任认定的有关问题
一是发包人与承包人对工程质量是否合格或者对导致工程质量出现问题的原因及双方责任大小有争议的，如果不能依据双方提供的证据材料予以认定，则应委托有相应鉴定资质的鉴定机构进行鉴定。
二是因承包人的原因致使工程质量不符合约定的，依据《合同法》第281条的规定，发包人有权要求承包人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。承包人拒绝修理、返工、改建的，依据《司法解释》第11条的规定，发包人可以根据工程质量问题的严重程度，相应减少支付工程价款。
三是因发包人提供的原材料质量不合格，或提供的设备、技术资料等不符合合同约定，从而导致工程质量不合格或质量缺陷的，则依据《司法解释》第12条规定的精神，该工程质量责任应由发包人承担，发包人不得以此为由拒付或少付工程款。同时，发包人因其过错造成承包人停工、窝工等损失的，仍应承担相应的赔偿责任。承包人对导致质量问题有过错的，也要承担相应的过错责任。四是发包人擅自使用未竣工验收的工程，承包人仍应依照合同约定承担工程保修义务和责任。对于合同无效，但竣工验收合格的工程，承包人也要依照合同约定和法律规定承担工程质量保修义务和责任。
三、约定违约金数额过高的调整
根据《合同法》第114条第2款规定：“约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。”由于在建设工程施工合同纠纷中当事人违约行为的具体情况很复杂，因此，判断当事人在建设工程施工合同中约定的违约金是否过高，不可能有一个统一而具体的客观标准。在审判实践中，可以从以下几个方面的因素进行综合审查判定：
(1)违约金数额与当事人的实际损失之间的比例；
(2)违约金数额与合同总价款、当事人未履行价款之间的比例；
(3)当事人违约的原因及过错大小；
(4)违约金数额与违约方所获得的合同利润之间的比例；
(5)违约的时间长短。
在无法确定非违约方当事人实际损失的情况下，可以根据《合同法解释(二)》的规定，如果合同约定的违约金超过了合同价款的10%，则可以确定该违约金过高，并予以适当调整。