总价合同的情况下，招标时的工程量清单仅供参考，按清单所报的综合单价仅仅是为了发生变更时计算变更造价，施工单位履行合同的具体内容就是按照招标时的图纸和投标的施工组织设计在约定工期内完成符合国家验收标准的工程。图纸上有的都应当完成，而不是只看清单。
按照合同法有关规定，施工合同文件的各组成部分之间有严格的解释顺序，其中图纸解释工程量清单。报价时以图纸为准。图纸有图例，也有相应的画图规则和规范，应当以正常的方式理解图纸。对读图导致的失误不是变更合同价格的理由，不明白的地方就应该提出疑问，否则只能自己承担后果。
设计变更和设计深化的概念是不同的。设计变更是把已经有的变成另外的，增加或取消；设计深化是在原来的基础上细化而不是引起新的变化。
1 、对清单漏项项目的造价结算处理
通过上面讨论的清单漏项原因，其中前三项原因造成的漏项，在采用固定总价合同的模式下，按照上述的合同条件，很清楚承包商是不能以清单漏项向业主索赔的。而针对第四种情况，由于图纸模糊或不完善引起的清单漏项，这在一定范围内属于设计变更，承包商是有权利进行相应的提出费用要求或索赔的。对于图纸模糊或不完善的情况，建设方通常采取原图纸完善、变更或干脆取消这几种处理方法，于是对于价款结算也产生了不同的结果。
1.1 漏项项目原图纸完善的结算
对于建设单位及设计单位在施工过程中对原招标图纸的完善内容，原则上采用补差价的方式，即在此单项工程实际价格基础上扣除理应含在原投标价中的价格。一般在图纸不完善的时候，采用扣除整个工程同档次品牌的价格。
例如某工程厕所隔断应附加安装残疾人扶手，可是图纸未明确此为扶手及扶手的材质尺寸等等。只是在施工平面图上有一个扶手标志，同时清单没有此扶手内容。业主工程师指定了品牌及样式，指定由承包商完成。那么在结算时，业主根据招标文件要求，表明图纸上有，隔断上有扶手的平面图，应该按图纸验收，属于清单漏项，不增加费用；承包商认为这图纸不明确，属于设计变更，应该费用增加。建设单位在给承包商扶手的实际价格的同时，应怎么扣除清单组价的价格呢。因为清单上没有明确，那么是按照普通扶手价格扣，还是按照整个工程同档次的品牌价格扣，或是按照我业主指定的品牌价格扣？按照工程量变更的调整规则，清单上有类似的扶手的相应报价，所以扣除时参照了此单价。
1.2 对漏项项目变更的结算
原图纸的施工做法很清楚，但清单该项中遗漏。在实际施工过程中，建设单位或设计单位又对此项内容进行变更。
例如某装修工程，图纸标有6扇木门，清单未提供此项目，招投标时承包商也未提出疑问。在实际施工中，结合以后消防验收考虑，更改为防火门。那么类似此类的变更结算应在实际发生的费用中扣除原招标图纸的工程量费用。
1.3 漏项项目取消时的追减
原图纸做法可能模糊也可能清晰，但在施工过程中，建设单位或设计单位表示，此项工程内容不必做了或另请施工单位完成。那么在结算时，就应该按照上述原则追减相关部分费用。
2、关于清单计价风险责任承担的讨论
施工单位有可能很怨，为什么同样属于清单漏项，叫我做吧，不给钱；不叫我做吧，倒扣钱，好像风险都在施工单位。其实这正是固定总价合同的精神所在，即施工单位只要理解，工程是按照图纸及规范来验收的，而不是按照业主提供的工程量清单。
举个对承包商有利的例子，某建筑构件厂因上海欧尚杨浦一号项目的钢结构工程与上海某超市有限公司签订建设工程施工合同，合同约定为固定总价合同，总价款800万元。工程按期完成，质量合格。施工方在施工过程中较工程量价格清单少用钢材40吨（价值人民币约80万），在结算时业主以承包商少用钢材为由拒付该部分工程款，遂酿成纠纷。最后处理结果：按合同结算。因此可以看出，工程量清单计价对业主来说，同样也有一定的风险。
作为施工单位能否获得盈利规避风险，关键在于提高自身的素质，在招投标相对短的时间内完善工程量清单，规避自身的风险；在施工过程中，充分发挥自身优势，节约成本，才能创造出可观的利润。
工程量清单模式的实行已经被大家渐渐认同，在合同履行过程中当遇到漏项问题造成的矛盾时，只有深刻理解工程量清单计价和固定总价合同的这些意义和原理，才能比较清楚地划分责任，避免纠纷。任何一种制度和模式都不可避免存在瑕疵，正如清单漏项问题，也由于我国建筑行业企业水平参差不齐，普遍不重视风险防范，抗风险能力差，同时建设方没有足够的经验，不规范操作等国情，不可能把这一风险简单地归于承包商，而应该分析其中原因，分别地加以处理。
无论是编制清单人员还是承包商应该在这过程中吸取教训，提高自身水平走上专业化、精细化的道路。建设单位则应该往长远着眼，重在提高建设效率，这样才能够将清单计价的优势真正发挥出来。