核心内容：常见的存在隐患的建设工程施工合同附加条款主要有工程最终造价的确定问题、工程竣工验收与结算款的支付问题和、“三边”项目工程量的确认及工程款的支付这三个方面。从建设部建筑工程施工合同示范文本看，在通用条款中有关建筑工程施工合同付款条件的约定是十分清楚的，其明确约定了预付款、进度款及竣工结算款。
1、工程最终造价的确定问题
工程欠款一个突出问题，是建设工程竣工结算难，确定工程最终造价更难。“付款没有依据”已成为建设单位拖欠工程款的众口一词的理由。所谓没有依据，是指工程造价决算未能审定。一项工程从竣工交付使用起，一年、二年甚至更长时间未能结清工程款的比比皆是，一个最为主要的原因就是不能及时确定工程最终造价。如果委托审价部门进行审价，往往又是遥遥无期。在目前立法对有关审价期限、内容、依据没有明确规定的情况下，作为建筑工程施工企业，在制订合同文本时，对工程竣工结算、工程未支付等重要条款时，尽可能制订完备，用语明确具体，文字严密准确，最终达到维护当事人合法权益，避免最终价款难以确定。
2、工程竣工验收与结算款的支付问题
在建筑工程施工合同工程款支付中，往往是在工程完全竣工结束后，总包拿到工程尾款，但问题是有些工程时间跨度很长，最后的竣工验收往往由于一些小工程而不能如期进行，在平行发包的情况下，往往会由于个别承包人不能顺利完工而不能竣工验收，也会存在业主以各种形式故意拖延工期，而最后的竣工验收不能正常如期进行，这样承包商最后的尾款拖起来就遥遥无期。笔者就办过这样一个案子，在苏州某开发商在房子预售不佳的情况下，开发商将自己作的一部分工程迟迟不完工，工程无法进行竣工验收。而作为总包，两年过去也不能拿到最后几百万元的尾款，总包翻翻合同，清清楚楚，全部工程竣工验收后，支付尾款。避免这一问题根本作法是将工程尾款的支付与中间验收与单体工程验收挂钩，而不能与全部工程竣工验收挂钩。
3、“三边”项目工程量的确认及工程款的支付
针对建设工程“三边”状况以及合同造价失控的现状，作为承包商的对策是在设定承发包合同时增加工程造价过程控制的内容，按工程形象进度分阶段进行预算并确定相应的操作程序，使承发包合同签约时不确定的工程造价，在合同履行过程中按约定的程序得以确定，从而避免可能出现的造价纠纷。在造价过程控制中可以增加一些特别约定，比如说约定发包方按工程形象进度分阶段提供施工图的期限和发包方组织分阶段图纸会审的期限，约定承包方收到分阶段施工图后提供相应工程预算是以及发包方批复分阶段预算的期限，约定发包方拨付承包方各分阶段预算工程款的比例，以及备料款、进度款、工程量增减和设计变更签证、新型特殊材料差价的分阶段结算方法等等。
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工程质量条款的签订与执行
建筑工程作为一种特殊产品，其质量亦具有特殊性，主要体现在：隐蔽性、关联性、派生性。隐蔽性是指其质量问题不易发现，关联性是指建筑产品各环节彼此影响，彼此关联，派生性是指建筑产品质量问题会引起修复、赔偿问题外，可能会引起其他人身、财产损害的民事赔偿。
在建筑工程施工合同中，往往有些显失公平的条款，比如说合同约定：建筑工程必须达到“白玉兰”奖，否则工程结算款不予支付。这实际上对建筑商是极不公平的。另外，在建筑施工合同中，有关质量问题也有一些近似“荒唐”的约定，比如说约定：工程质量要工程师满意。这不仅没办法量化的和衡量，而且会受较大人为因素的影响。在签订包括这些条款的合同时，对这些条款一定要注意，建筑工程质量一定要约定一个可以操作验收的标准，有一个可以进行正常工程验收的标准。减少因工程验收不合格拿到工程款的情形。
影响施工项目质量的因素主要有五大方面：人、材料、机械、方法和环境，事前、事中、事后都要对这五方面的因素严加控制。施工项目质量控制的方法，主要是审核有关技术文件，报告和直接进行现场检查或必要的试验等。有些比较规范的建筑工程企业，在现实操作中形成了一些比较成熟的作法，比如说“在建工程质量每周例会并形成书面纪要”制度。具体的操作实施是建设、施工、设计、监理四方负责人每周就工程施工过程中的质量要求、问题、措施以及各方的责任开会明确，各方签字记录在案。好处在于整个施工过程中各方的责任有书面证据，日后出现事故谁的责任有案可查。