建设工程施工合同纠纷案件，根据现行法律规定，出现下列情形之一的，合同将被认定为无效。第一类情形：由于施工企业的资质问题导致了合同无效，具体可以包括：无资质、借用资质、超越资质；第二类情形：违反招投标的强制性规定导致无效，具体包括应当招标而未招标、中标无效、投标无效；第三类情形：违反施工的管理规定导致无效，例如：非法转包、违法分包，未取得规划许可证（用地规划和工程规划）。
施工合同无效情况下，施工单位工程款如何结算？现行法律已有规定，但鉴于工程领域涉及问题纷繁复杂，在司法实践中，针对不同情形的施工合同无效，施工单位应当如何结算工程款，也是面临必须解决的问题。本文中笔者将结合有关司法解释、司法实践一一予以梳理并分别阐述。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持”。
上述条款的立法背景：就建设工程施工合同而言，工程质量是建筑工程的生命，《建筑法》及相关行政法规范，均将保证工程质量作为立法的出发点和主要目的。《建筑法》及《建设工程质量管理条例》都规定，未经验收或者经验收不合格的建设工程，不得交付使用。但在建设工程验收合格后，无效合同与有效合同相对于制定《建筑法》的根本目的已无很大区别。如果抛开合同约定的工程价款，发包人按照何种标准折价补偿承包方，均有不当之处，不能很好地平衡双方之间的利益关系。工程经竣工验收合格，已经达到了《建筑法》的保护目的。上述司法解释为着平衡发承包双方之间的利益关系，便捷、合理地解决纠纷，确定了建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格的，可以参照合同约定支付承包人工程价款的原则。亦即，合同虽无效但在工程质量合格时，区分合同效力已无意义。基于此，最高人民法院制定上述条款。
上述条款的法理依据是《合同法》第58条规定：“ 合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。”该条确立了合同无效的相互返还处理原则，以及不能返还的折价补偿原则。鉴于建设工程承包人已将其资金投入和劳动付出物化到建设工程当中，已无返还的现实性，故对于无效施工合同不能采取相互返还、恢复原状的方式，而只能采取折价补偿的方式。
但是由于工程领域涉及问题纷繁复杂，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定又过于笼统，只是表明可以参照合同约定结算工程价款，在司法实践中如出现下列情形，施工单位到底该如何结算工程款，也是面临必须解决的问题：
其一、涉及多份施工合同无效的情形下，如何结算工程价款？
其二、施工合同无效，结算工程款参照合同约定范围包括哪些？
其三、合同无效且结算方式约定不明时，应按什么标准计算工程价款？
一、涉及多份施工合同无效的情形下，如何结算工程价款？
一、以备案且合法有效的合同为准
最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二十一条规定，“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据”；
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》第一条规定：“ 招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持”。
但如果存在违法招投标，导致备案的中标合同无效的，则无效的备案合同并非当然具有比其他无效合同更优先参照适用的效力。
二、以实际履行合同或最后所签合同为准
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》第十一条规定：“ 当事人就同一建设工程订立的数份建设工程施工合同均无效，但建设工程质量合格，一方当事人请求参照实际履行的合同结算建设工程价款的，人民法院应予支持。实际履行的合同难以确定，当事人请求参照最后签订的合同结算建设工程价款的，人民法院应予支持”。按《最高人民法院建设工程施工合同司法解释（二）理解与适用》解释：
1.当事人范围：上述“当事人”是指同一建设工程发包人与承包人。但是没有资质的实际施工人借用有资质的建筑企业名义与他人签订的建设工程施工合同，也属于本条所指无效建设工程施工合同当事人；还有一种情形即发包人将建设工程发包给承包人之后，承包人将其转包给第三人或违法分包给第三人。此时，在承包人与转包第三人或违法分包第三人之间也存在无效建设工程施工合同。该无效建设工程施工合同中的发包人是原建设工程施工合同中的承包人，该无效建设工程施工合同中的承包人是转包第三人或者违法分包第三人。故转包或违法分包都有可能成立无效建设工程施工合同，属于本条规范对象。至于转包第三人或违法分包第三人则因与原建设工程施工合同发包人没有直接关系，不具有合同相对性，彼此之间不成立无效建设工程施工合同。另外，建设工程施工合同纠纷实务中，还存在建设工程施工合同履行过程中，承包人一方中途退场后，新承包人进场就同一建设工程签订新的建设工程施工合同的情形。此情形不属于本条规范对象范围。
2.“同一建设工程”涵义：一般是指当事人签订数份建设工程施工合同共同指向的施工内容。也即“同一建设工程”首先强调的是建设工程具有同一性。具体而言，同一性主要表现为该建设工程的设计、规划、质量等内容未发生变化。
除了建设工程未发生变化之外，实践中，还存在当事人基于各种主客观因素影响，就建设工程做出非实质性内容变化的约定情形。此时，即便建设工程发生了非实质性内容变化，也可纳入本条所致同一建设工程范畴。至于当事人的新约定背离了原建设工程施工合同实质性内容情形，建设工程因设计、规划等不可控因素影响发生实质性变化调整，不影响本条中所指建设工程的“同一性”。
二、施工合同无效，参照合同约定范围包括哪些？
施工合同中支付价款的约定不可能是一个简单的独立条款可以完成的，往往需要较多条款共同组成一个工程款支付体系，从签订合同到结算阶段，主要有以下内容：
Ø 工程计价、计量规则；
Ø 工程预付款、进度款、结算款支付的时间和条件；
Ø 设计变更和签证的办理和条件；
Ø 工程结算办理和审核的程序和条件；
Ø 总包单位提供的水电费用及外架等费用的扣取；
Ø 质保金的扣留和返还的时间和条件；
Ø 有关工期、质量、安全的针对承包人的违约金条款。
一、应全面参照合同中有关工程款支付的所有约定
司法解释第二条规定的“参照合同约定”具体包括了合同对价款部分哪些范围的约定，也是司法实践中争论较大的问题，从目前来看，对于上面第1项所指的工程计价、计量规则属于应参照适用的范围没有争议外，其它的内容都没有明确规定。一般普遍的观点认为：既然施工合同对价格的约定是一个完整的计价体系，从当事人意思自治的原则出发，当事人在合同中关于工程款支付的所有约定，包括付款条件、付款时间、付款方式以及工程款扣减事由以及质保金的扣留及返还等均系合同双方签订合同当事人的真实意愿。而且，现实中，合同双方在协商工程款的过程中，往往是结合付款条件、付款时间、付款方式等的约定对工程计价标准进行综合考虑和权衡的。所以，只有全面参照合同中有关工程款支付的所有约定，才能实现折价补偿的公平公正。
否则，如存在转包分包情形下，因合同无效只适用计价计量条款有效、其它条款失效，分包单位可以不再受分期支付工程款、预留质保金、工程款扣减费用等条款的限制，而要求总包方支付全部价款。那分包单位反而因合同无效比合同有效时获得了在工程款等方面更多的利益，明显违反了任何当事人不能从合同无效而获得额外利益的基本原则。
最高人民法院公报 2013年第11期(总第205期)刊登的莫志华、深圳市东深工程有限公司与东莞市长富广场房地产开发有限公司建设工程合同纠纷案中，案例要旨为：鉴于建设工程的特殊性，虽然合同无效，但施工人的劳动和建筑材料已经物化在建筑工程中，依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律的解释》第二条的规定，建设工程合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照有效合同处理的，应当参照合同约定来计算涉案工程价款，承包人不应获得比合同有效时更多的利益。
二、关于工期、工程款支付等违约金条款在合同无效时也可参照约定适用，具体可主张损失赔偿责任。
主流观点认为违约金条款在合同无效时随之而无效，但施工合同有其特殊之处，也要参照适用其约定：
1.【重庆市第五中级人民法院法官观点】建设工程施工合同无效时，该合同中关于工期的约定以及工期迟延责任的约定包括违约金、损失的计算方法等均为无效，但是可以参照合同中关于工期的约定判断工期是否迟延。发包人请求承包人赔偿损失的，应限于实际发生的损失。对实际发生的损失，发包人应当承担举证证明责任。存在实际损失的，应当根据发包人、承包人对导致工期延误的过错的大小确定损失的分担。
2.广东省高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的意见（2006年11月1日 粤高法发[2006]37号）（三）建设工程施工合同无效，但按照《解释》第二条的规定可参照合同约定计算工程价款的，如承包人存在延期完工或者发包人存在延期支付工程款的情形，当事人应参照合同约定赔偿对方因此造成的损失。
3.《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》第三条更是明确规定：“建设工程施工合同无效，一方当事人请求对方赔偿损失的，应当就对方过错、损失大小、过错与损失之间的因果关系承担举证责任。损失大小无法确定，一方当事人请求参照合同约定的质量标准、建设工期、工程价款支付时间等内容确定损失大小的，人民法院可以结合双方过错程度、过错与损失之间的因果关系等因素作出裁判”。
三、施工合同无效且结算方式约定不明时，应按什么标准计算工程价款？
对这个问题，法律、司法解释、地方法院均没有明确规定。但在最高人民法院（2013）民提字第77号民事判决书中，对这个问题有一个比较明确的处理意见：
合同无效后工程价款的结算方式，有约定的按约定，没有约定的依鉴定结论。工程造价一般由直接费（直接工程费、措施费）、间接费（企业管理费、规费）、利润和税金构成。而工程成本与工程造价相比，不包括利润，也不包括因没有资质或者超越资质而应核减的相应的企业管理费、规费等。
工程造价与工程成本的差额属于因合同无效所造成的损失。根据《中华人民共和国合同法》第五十八条规定对合同无效所造成的损失，应当由合同当事人根据其过错程度合理分担。
综上，对于施工单位而言，要规避和控制工程结算法律风险，首先在于合同的约定。在合同有效的情况下，双方自然按照合同约定进行结算。而在合同无效的情况下，也是要参照合同的约定来结算工程价款。那么施工单位在签订合同时应如何做好合同相关约定呢？
施工单位在合同签订时要十分重视结算条款，作到全面严密，防止在结算纠纷中处于不利地位。在结算条款约定时常出现如下问题：
1．未清楚约定结算的具体时限，也未约定发包人未按时限进行结算的处理；
2．对合同价款方式约定不明，难以确认工程款结算依据；
3．双方约定合同价款为可调价格，但未约定价款调整方法或约定不明；
4．采用固定价格合同，双方对风险范围和风险费用未作约定，亦未约定风险以外的价格调整方法；
5．发包人与承包人就同一建设工程签订两份甚至多份不同版本的合同；
6．采用定额结算方式的合同，未能明确定额的年份及编制单位。
针对以上情况，施工企业在约定结算条款时，应注意以下情况：
1．对结算的任一方主体的期限均应作清楚、明确的规定，如写明在工程完工后多少天内承包人报送结算、发包人收到后多少天内完成审核。甚至可以继续约定发包人审核结果到达承包人后，承包人提起异议的时间，以及发包人收到异议后再次确定的时间。另外，要规定未能按期审核的违约责任，如可规定一定数额的违约金或视为认可承包人送审价等。
2．对于采用的合同价款方式双方要作出明确的约定。
3．对可调价格合同，双方要对价款调整的方法进行明确约定，包括材料、设备价格的涨落，设计变更，降雨、台风等自然因素等。
4．固定价格合同因对发包人有利，易于结算，故近年来多被采用。但一般来说，固定价格合同适用于工期较短、环境影响因素较少、技术成熟的工程。对承包人来说，固定价格合同，特别是固定总价合同，承包人往往承担的风险较大。因此，双方在合同中要对相关的承包工程范围、设计图纸所涵盖的工程量迸行详细的约定，并对物价因素、设计变更、非承包人原因引起的工程量变化、地质条件变化等因素进行充分考虑，将这些因素纳人风险范围之中。例如，明确材料涨跌超过一定幅度、设计变更、现场签证引起的工程量变化超过一定比例的情况下，合同价款应当予以相应调整。同时，合同中约定采用固定价结算工程价款的，当事人不得请求进行造价鉴定。此外，目前通行工程量清单计价方法，建议双方除约定合同总价外，在合同后应附上承包人填好的工程量清单。
5．《招标投标法》规定的必须进行招投标的工程，要严格按照法定程序进行招标投标，且合同要经过行政管理机关备案登记。
6．定额结算方式是一种常见的结算方式，此种结算方式，要求引用准确的定额文件，同时约定好取费类别。另外，对于材料价格的确定等，也要作好明确规定。
综上所述，施工单位即使在合同无效的情况下，首先要保证工程竣工验收合格，其次对于需要招标合同，遵守招标投标法，保证备案合同合法有效；对于无需招标合同，应该按最后签订的合同实际履行；因为合同约定是结算的最终依据，在签订施工合同时应特别重视并做好结算条款，并在施工过程中严格按合同履行施工责任，保留好诸如工程联系单、签证、索赔单、会议记录等证据材料，如此才能确保施工单位能够在工程竣工验收后做好工程款的结算。