合同无效和合同有效有着截然不同的法律后果。合同有效，则双方的权利义务按照合同约定的条款执行；合同无效，则合同中除了有关争议解决方式的约定有效外，其余合同条款均为无效。其中，建筑企业权益最关心的问题就是合同无效，工程价款如何结算？这里，需要以工程是否验收合格为标准，区分不同情况加以处理。
一、工程经验收合格的，可以参照合同约定结算
《施工合同司法解释》（法释[2004]14号）第二条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”准确理解该条解释的意思，需要把握以下三层含义：
第一，结算的前提是工程必须经验收合格。
在建设工程领域，工程质量是建筑工程的生命，根据《建筑法》及相关行政法规范规定可知，保证工程质量是立法的主要目的，也是立法的出发点。《合同法》、《建筑法》及《建筑工程质量管理条例》均规定未经验收或者验收不合格的建设工程不得交付使用。在建设工程经竣工验收合格后，就《建筑法》立法的根本目的而言，无效合同与有效合同已无太大的区别，发包人就该工程享有的使用价值是完全可以实现的。因此，发包人也应当向承包人支付相应的价款。
第二，参照合同约定结算。
《合同法》第五十八条规定，合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要的返还的，应当折价补偿。在建设工程领域，施工合同具有特殊性，即合同履行的过程就是将劳动和建筑材料物化在建筑产品的过程，与之相对应的，发包人取得的财产虽然在形式上是承包人建设的工程，但实际上是承包人对工程建设投入的劳务及建筑材料，因此，施工合同被确认无效后，无法适用返还的方式使得合同恢复到签约前的状态，而只能按照折价补偿的方式处理。
建筑市场中关于工程价款的结算标准较多，结算方法也复杂多样。合同无效后，又应当以何种标准折价补偿承包人的工程价款？在《施工合同司法解释》（法释[2004]14号）颁布之前，无效合同的结算问题一直是审判实践中的难点问题。不同的法院在具体案件中就无效合同的处理如何适用法律有不同的理解，对于折价补偿的标准及范围也有不同的认定，导致类似的案件裁判结果相差甚远。同时，由于无效合同下工程价款如何结算没有明确的法律规定标准，致使案件不能尽快审结，而经竣工验收合格的工程长期搁置，发包人不能及时使用，间接进一步扩大了承发包双方当事人的损失。因此，最高人民法院在《施工合同司法解释》（法释[2004]14号）第二条确立了“可以参照合同约定结算”的原则，为司法实践中案件的裁判提供了依据。
从司法解释的文意来看，这里用的是“可以”一词，不是“必须”，当事人也可以主张按照其他方式结算工程价款。但审判实践中，大部分合同无效的案件最后都是参照合同约定结算的。建筑企业还应当注意，此处的经验收合格的工程包括三类：一是工程竣工后验收合格的工程；二是正在建设中的工程经阶段性验收合格的工程；三是经过修复后验收合格的工程。
二、工程经验收不合格但经修复后合格的可以参照合同约定结算，但承包人应负责修复或承担修复费用
《施工合同司法解释》（法释[2004]14号）第三条规定，“建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持。（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。”该项规定主要包含如下两层意思：
第一层意思，合同无效且工程经竣工验收不合格的，承包人可以对不合格工程进行修复，修复后的工程经竣工验收合格的，发包人可以继续使用工程，所以在这种情形下承包人仍然可以参照合同约定的结算原则进行结算，同时，由此产生的修复费用由承包人承担。
第二层意思，合同无效且工程经竣工验收不合格的，承包人经修复后工程仍然不合格，也就是说，建设工程的质量缺陷无法通过修复予以弥补，建设工程丧失了使用价值。对于没有使用价值的建设工程，承包人没有请求支付工程价款的权利。即使承包人提出请求，发包人也有权拒绝。关于第二层意思，还需要进一步注意的是，如果工程验收不合格与发包人过错有关，如发包人提供的设计有缺陷，造成按照发包人提供的设计图纸进行施工建造的房屋存在质量问题，无法通过验收；发包人提供或者指定购买的建筑材料、建筑配件、设备不符合国家强制性标准导致房屋存在质量问题，无法通过验收等，发包人也应根据其过错承担相应的民事责任。但具体承担多少责任，由法官依据案件的实际情况及法律规定予以判决。
此外，如果承发包双方对建设工程存在的质量缺陷是否能够修复有不同的意见且难以达成共识的，需要委托专业的质量鉴定部门进行鉴定。法院将以鉴定部门出具的鉴定意见为参考依据，以认定工程质量问题是否可以修复。如果经过专业机构评定，工程存在的质量问题无法修复的，则法院不再支持承包人请求支付工程款的主张。