分包工程作为总承包工程的一个重要组成部分，对分包工程进行全过程跟踪审计主要是以合同为主线，通过事前参与、事中监督、事后评价的全过程跟踪，抓住招标竞价、合同签约、现场变更、材料供应、竣工结算等重点审计要素，实现对分包工程的全过程跟踪审计。
一、分包工程合同签约前审计
合同签约前审计的重点是分包工程合同的真实性、合规性和效益性以及合同价款的确定和分包方的选择。
1）分包工程项目真实性、合规性、效益性的审计。工程项目的分包不仅要保证企业的经济效益不流失，而且又要能为企业带来经济利益，否则，工程项目就没必要分包。因而内审人员要随时了解本单位的施工生产情况和施工进度，掌握分包工程的真实性，同时要对工程分包程序的合规性进行监督，并且要对分包的工程项目有一个准确而真实的经济效益评价和测算，确保分包工程的效益性。
2）参与合格分包单位的选择。参与合格分包单位的选择，重点关注选择的合格分包单位是否经过资质预审和市场准入程序，是否将具有施工能力强、企业信誉好、管理水平高、机具设备优良、质量有保障的施工单位作为合格分包单位，承揽分包工程的施工。只有合格的分包单位，才能在保证工程质量和工期的前提下，服从总承包单位的统一协调管理，确保总承包工程的顺利施工。
3）参与分包工程的招标竞价。参与分包工程招标竞价时，内审应将分包工程“标段”划分的合理性及分包工程合同价格的准确性作为审计重点要素。①分包工程“标段”划分的合理性。基层单位进行分包工程“标段”划分时，是否综合考虑专业要求、管理要求和对总包工程影响及工作面衔接等因素，是否以主体单项工程的工作界面、以不同性质、区域的施工地段、以工作界面间互不影响进行“标段”划分。合理的“标段”，不仅可以保证企业的经济利益和分包工程审计质量，而且有利于杜绝分包工程分包的暗箱操作。②分包工程招投标前的现场调研。分包工程招标前内审人员必须进行分包工程的现场勘察和调研，察看分包工程施工地点的地形地貌，调查地材料价格及运距，了解当地企地关系。对分包工程进行全面详细的深入了解，使分包工程竣工结算审计快速高效。③全程参与和监督分包工程合同价格的确定。对分包工程价格进行客观公正、实事求是地复核和测算，使分包工程合同的标底价格、中标价格及签约价格做到心中有数，遵照高质低价的原则，选择出最佳分包方，以利于分包工程合同的顺利签订。
4）参与分包工程合同条款审查。审查分包工程合同条款，主要审查合同价格条款和材料供应条款及质量保修条款。审查复核分包合同签约价格或费率是否为中标价格或费率；分包合同中材料供应条款是否明确甲供料的供应方式及自购料的质量、购买程序和验收程序是否合规，竣工结算时费用的计取方式；质量责任保修年限和保修金额是否符合国家相关规定。
二、分包工程合同履行过程的审计
对分包工程合同履行过程的事中审计监督是分包工程全过程跟踪审计的第二步。审计的重点是分包工程量计量、施工现场变更、材料使用等审计要素。
1）工程量计量的准确性，现场签证的真实性。工程量的大小决定着分包工程的最终造价，是确定分包工程造价的根本。工程量的准确性，将直接决定着分包工程的审计质量。事中审计监督就是要突出对分包工程实施过程的审计，强调变更签证工作量的现场审计。内审人员要按施工阶段定期或不定期地深入施工现场，对实际发生的工程量，进行现场丈量和取证核实，落实变更签证确认程序和内容的合理性，是否存在违规签证，虚增工程量，提高分包工程量的真实性和准确性。
2）监督材料使用，审核材料费用。建筑材料是建筑工程的主要组成部分，费用占到工程造价的60%～70%。内审人员必须要深入施工现场，对建筑材料的质量和使用进行现场调研。分包合同约定甲方供应的材料，分包单位是否自行采购，确因特殊情况需自行采购，是否经总承包单位同意，总承包单位是否出具采购委托单，采购价是否超过甲供材料价。
三、分包工程合同竣工结算审计
分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程造价的最终确定。分包工程造价的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果。
1）严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。
1）工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
2）严防利用分包工程项目之间交叉施工内容，多家分头重复计算工程量和虚增变更签证。一个总承包工程，往往由多家分包单位施工，有些分包单位利用两个或几个单位交叉施工，或利用分包工程结算项目较多，结算力量薄弱，不清楚现场施工情况，对现场变更签证辨别力差等原因，分头多计工程量和现场变更签证，造成工程量计算重复叠加，骗取额外工程价款。
2）分包工程材料费的审计。对分包工程材料费的审计，重点是对分包工程材料的使用情况和费用计算进行审计。
①掌握分包工程材料使用情况。将分包单位领用的甲供材料数量与预算分析用量及施工图纸设计量进行分析对比，严防甲供材料的超领和浪费，只有杜绝建筑材料的浪费，才能确保总承包方的经济效益。
②材料费的计算要把好三关：“划分界限关”――严格按规定划分设备与材料。“价格关”――尤其是大宗材料和对造价影响较大的材料，要根据当地造价部门发布的材料指导价或通过市场调查、网上询价等途径，获取材料的真实价格。“计算关”――审查材料费及运杂费计算的合理性和合规性。
3）分包工程计价的审计。对分包工程造价进行合理准确的计价是真实反映分包工程造价的基础，将工程量计算、定额子目套用及费率计取作为分包工程计价审计的审计重点。
1）审查结算工程量计算的准确性。根据经过多部门竣工验收而最终确认的工程量和工程量计算规则，审查结算工程量的计算。工程量计算的是否准确直接影响着分包工程的计价。因此，在审查工作量时应正确划分项目，按照施工图的设计说明和国家规定的计算规则计算，实事求是的反映真实工程量。
2）审查定额子目套用和费率计取的正确性。首先，检查子目列项的名称、规格、计量单位与地区估价表是否一致，定额换算是否准确；其次，查看定额所列工程内容，检查套用的定额是否重复、高套或错套。审查取费标准或综合单价及费率与分包工程合同价格条款约定是否相符，综合费率是否准确，综合单价是否正确，套用综合单价的工程内容是否重复、交叉、错列。
4）分包工程审计方式的选择。分包工程审计方式的选择同样影响着分包工程的审计质量。针对分包工程分包的具体特点应采取更加灵活、操作性更强的审计方式。对于工期较短完工较快的分包工程，应采取阶段性审计；对于金额较小相互关联的零星分包工程，应集中起来，采取集中性审计；对于工期较长、金额较大、变更较多、较为复杂的分包工程，应采取现场性审计。审计方式可根据实际情况单独选择，也可组合选择。审计方式的灵活选择，有助于内审质量的提高。总之，内部审计要深入到分包工程分包的方方面面，渗透到分包工程的每一个重要环节，通过各基层单位及企业不同部门的共同协作，不仅提高了分包工程的内审质量，而且维护了企业的经济利益，体现了内部审计的效益性特点，充分发挥了内审职能。