造成工程造价纠纷的原因主要有建筑市场混乱、业主及监理缺乏工程造价知识和法律知识、工程造价管理脱节，政策不配套和现行工程造价计算方法和计价依据不够完善等等。
(一)建筑市场混乱
建筑市场混乱是导致工程造价纠纷的外部环境因素。
(1)现阶段建筑市场是买方市场、施工方被迫压价承包，使一直处于微利经营的施工企业无利可图。
(2)建筑产品价格管理不力。无法制止建筑产品的“倾销”现象。
(3)建筑企业等级管理办法的漏洞使大量固定成本极低的施工企业得以生存，对建筑市场的“倾销”现象起了推波助澜的作用。
以上三个方面原因造成了建筑市场一定程度的恶性竞争，使得施工企业争相压价，然后在工程合同签订以后，再通过以下不正当手段牟利：①偷工减料，强压成本；②以次充好。虚报材料价格；③采取不正当手段，如行贿等，拉拢甲方及监理在合同履行中途变更价格或更多签虚报工程量。当上述三种手段都不起作用时。便诉诸法律，通过法律保护当事双方利益的条款起诉对方，造成工程造价纠纷。
(二)业主及监理缺乏工程造价知识和法律知识
(1)业主及监理在不太懂行的情况下，盲目追求降低承包造价，利用买方优势；不顾国家有关规定压级压价；提出不合法的无效条款迫使施工方无利可图发生纠纷，在所难免。
(2)施工方利用业主缺乏相应知识和盲目压价的心理，故意接受其提出的不合法条款，签订承包合同，而后诉诸法律，起诉对方，利用这些无效条款迫使对方就范，以达到增加工程造价的目的。
(三)工程造价管理脱节，政策不配套
(1)造价管理部门对工程承包合同价审查疏漏是工程结算时发生工程造价纠纷的一个间接原因。
(2)现行的工程造价管理规定对业主缺乏约束力，对于他们违反规定的行为没有相应的强制性措施，使造价管理流于形式，助长了工程造价纠纷的发生。
(3)政出多门、文件打架也是造成工程造价纠纷的重要原因。
(四)现行工程造价计算方法和计价依据不够完善
随着社会的进步，科学技术的发展，在施工过程中，经常能找到纠纷的依据。我们现行定额的编制是在正常施工条件下进行的，而建筑产品的多样性、复杂性，不能用一个固定的模式去一概而论。随着新技术、新产品、新工艺的发展和应用会更加突出。
(五)施工设计深度不够
施工设计深度不够，尤其是现在市政工程属政府指令性计划工程，往往是仓促开工，迫切竣工，设计、拆迁、施工同时进行，造成设计的严密性大打折扣，设计变更很多，初期设计不能准确地反映工程的真实性。因此，过多的设计变更，施工签证，使工程决算一再提高，造成施工纠纷的可能性。
另外，还有其它原因，如自然条件的变化、各种不能预见的政策性调整等等，都可能引起纠纷。