建设工程施工合同纠纷案件中，关于工程款争议占据大多数。建筑工程工程款支付方式主要有直接支付至承包人的指定账户、支付给承包人的有关人员、支付给特定的第三方、以房屋抵偿等几种方式。
一、直接支付至承包人的指定账户
发包人将工程款支付至承包人的指定账户，无论是转账、现金汇款还是使用票据，对双方来说都无疑是避免纠纷的最有效方式。即使付款或收款的凭证不慎遗失，任何一方都可以到银行查询交易记录完成举证，法院也可以通过调查取证查清付款的详细信息。然而，全部工程款都采用此种方式支付的情况却并不多见，原因在于建筑市场普遍存在着挂靠施工的现象，实际施工人只是借用建筑企业的资质，以其名义签订合同、开具发票和制作施工资料，被挂靠的企业与工程发包人之间实际上并无财务往来。个别建筑企业为了便于实际施工人承建工程，专门为其设立分公司或单独开设账户。这样虽然在一定程度上可以规范款项往来，但毕竟有以合法形式掩盖非法目的之嫌，并且挂靠双方的本意是令彼此资金独立开来，而在法律意义上总公司与分公司的财产、债务具有同一性，这对双方而言都增加了很多不可预见的风险。
二、支付给承包人的有关人员
发包人将工程款直接支付给实际施工人的情形较多。除了实际施工人以外，承包人的财务人员、现场负责人或委托授权的其他人往往也会收取工程款。个人收款常见的第一个问题是没有委托授权手续或手续不规范。有的案件中，虽然发包人能够提供承包人有关人员收款的凭证，但是不能提供收款人的委托手续，或委托手续授权不明，由于施工队伍构成复杂、人员流动性大，根本无法找到收款人进行核实，甚至根本无法得知收款人的身份信息，则增加了发生纠纷的几率。第二个问题是没有收款凭据或收款凭据不规范。个人收款，一般是收取现金或票据，然后出具收条、收据或经签字的票据复印件。如发包人收款后没有出具收条，显然会导致承包人举证困难。如收款凭据不能如实、完整地记载收款日期、金额、事由、方式等信息，也容易引发纠纷。收款日期与实际不符、收款金额大小写不一致、收款事由未明确与工程的关联性等现象在审判实践中都有所反映，但发生几率相对较小。收款人向发包人出具借条而非收条的情况也时有发生，实际上当事人之间仅存在建设工程施工合同关系，不存在借贷关系，出具借条的真实目的是预收工程款。但即使通过书面证据只能认定为借款，也可以通过抵销而计入已付的工程款范围。
三、支付给特定的第三方
在建筑工程支付款支付方式中，发包人需要将一部分工程款支付给第三方，而承包人对此予以认可或应当认可的，同样具有法律上的效力。
（一）支付给约定的第三方
发包人和承包人约定将工程款支付给第三方，该第三方通常是债权受让人、材料供应商、施工人员、供水供电单位、审计单位、材料检测单位、规费征收单位等，承包人对上述第三方负有债务，或发包人按约垫付了本应由承包人支付的费用。实践中还出现过发包方提前向承包人支付工程款，但基于某种考虑而通过第三方过账的情况。在双方约定将款项支付给第三方时，没有签订书面协议，或支付的凭据不完备的情形较多。有的发包人在代付费用后，并没有证据证明相应费用与工程的关联性。在一起涉及代付规费的案件中，由于政策原因，发包人在立项后即缴纳了工程规费，而后才与承包人签订合同，但签订合同时规费缴纳标准已作调整，部分规费取消或减少，双方又没有明确此前多缴纳的规费如何处理，因此只能由发包人自行承担。
（二）支付给法定的第三方
根据合同相对性原理，发包人一般只应对承包人履行给付工程款的义务。而最高法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第26条第1款规定，实际施工人可以直接向发包人主张权利，发包人在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。发包人据此向实际施工人支付工程款的，施工单位应予认可。此外，在转包、分包或挂靠施工的情形下，实际施工人以承包人名义对外所负材料费用、人工费用等债务，符合代理或表见代理特征的，相应债权人可向承包人主张权利，承包人在履行付款义务后，实际施工人也应予以认可。
（三）支付给基于其他因素确定的第三方
在实践中，个别的承包人或实际施工人恶意逃避债务，引发集体信访、上访等社会问题。为了维护社会稳定，保护弱势群体的权益，行政机关或司法机关往往会介入协调，由发包人代为承包人履行相应债务。发包人代为承包人履行债务后，即对承包人享有无因管理之债权，与工程款债务可作抵销。常见情形一是垫付工人工资，二是垫付工伤赔偿款。但发包人垫付款项后，在诉讼过程中承包人通常会对债权人的主体身份、标的及垫付款项的真实性提出异议。因此，发包人在向第三方支付款项时，首先必须在行政机关、司法机关的组织和协调下进行，不能擅自向第三方付款，更不能直接与第三方进行结算。其次，必须仔细核实第三方的身份，且付款额度控制在第三方的债权范围之内。最后，还要妥善保留证据，同时寻求相关机关的见证。
四、以房屋抵偿
一些房地产开发企业在不具备付款能力的情况下，会用其开发的房屋抵偿部分乃至全部工程款。但在实际操作中，受房地产交易法律法规和政策的约束，这种抵偿并不能和一般意义上的以物抵债一样通过转移所有权来完成，而是需要承包人联系购房人、商谈价款后，由开发商直接与购房人签订商品房预售合同并开具发票，但房款实际是由承包人收取。这种操作方式本身是不规范的，也容易产生纠纷。一方面，从手续上看，虽然购房人由承包人指定、价格由承包人确定、房款由承包人收取，但商品房预售合同是发包人（开发商）与购房人之间签订，发包人必须按照商品房预售合同的约定对购房人履行义务，同时还必须举证证明房款已经由承包人收取的事实。另一方面，抵偿时的房屋价款与商品房预售合同约定的价款之间存在的差额部分如何处理，必须事先作出明确的约定。