洁净室内的排风口，其作用为排热、排湿、排污染物质。当室内设备产热太大时，为了节能，可把设备产热就地排走以减小空调冷负荷。这时的排风口位置应设在产热设备的正上方；如果在洁净室内，由于工艺要求，某些湿表面不能密闭时，为了减小室内的湿负荷，可在湿表面附近，设置排风罩（可在正上方或侧面设置）；在生产过程中，有可能散发有害气体或微粒，最好的污染控制方法是在污染物散发源处及时排走污染物。可采用排风罩或密闭隔离罩等措施来排除污染。可见，排风口或排风罩的布置应根据行业规范或生产工艺的具体条件来确定。如洁净手术室内的排风，在《医院洁净手术部建筑技术规范》（GB50333-2002）中规定：“洁净手术室必须设上部排风口，其位置宜在病人头侧的顶部。排风口进风速度应不大于2m／s”。这一规定，是为了排除一部分较轻的麻醉气体和室内污浊空气。所以排风口应设在上部并靠近发生源处。
对于洁净生产车间，应根据生产工艺及设备特征灵活设置，如果工艺条件允许，设排气罩要比设顶部排风口排除污染的效果好，设密闭排气罩排污效果更好。所以，在布置排风口时，应综合考虑各种规定及生产工艺情况，确定最有效的排风方式及排风口位置。
排风口位置及排风方式确定后，就应设计排风管系统。在各洁净室单独设置排风系统还是多间洁净室并联设置排风系统，除应严格执行相关规范的规定外，还应通过分析污染的性
质来决定系统形式。如医院洁净手术室的排风系统应和辅助用房的排风系统分开设置。生产车间中如所排除的污染物属于同一性质，不会造成交叉污染，在混合后也不会产生各种危险，就可以多间洁净室共用一个排风系统。每一个排风系统的排风出口都应直接通向室外，不应排入吊顶夹层中。排风系统中，暴露于洁净室的管道及排风罩宜采用不锈钢板制作，在夹层或夹道内的隐蔽管道，可采用镀锌钢板或满足排风要求的其他板材制作。当排风气流中含有腐蚀性物质时，应采用耐腐材料制作排风管。
洁净室的排风系统应防止室外气流倒灌而污染洁净室。工程中常采取的防倒灌措施有：采用中效（或高中效）过滤器，效果最好。因为它不仅有过滤功能，更主要的是风压或热压不太可能克服过滤器的阻力，因此，倒灌气流就不太可能形成。不过，采用这种措施时，需定期清洗、更换过滤器。否则，会影响排风量。还可以采用止回阀防止倒灌，使用方便，无需经常维修管理，但效果最差。因为止回阀的密封性较差，在热压或风压的作用下，室外气流很容易渗入室内污染洁净室。还可采取装设电动密闭阀的措施来防止倒灌，只要密闭阀质量好，其防止室外污染的可靠性就高。
当排风中含有易燃易爆的气体时，应采用防爆排风机（洁净室内的净化灯及开关等均需采用防爆型的产品，墙面应采取防静电的措施）。
当排风气流中含有致敏性物质，或有害物浓度及排放量超过国家或地区有害物排放浓度及排放量规定时，应进行无害化处理。无害化处理的具体措施应根据有害物性质来确定如青霉素分装车间的排风中，主要含有致敏性的有害物，可在排风系统的入口处装设高效过滤器来防止对环境的污染。如实验动物房，排风中的有害物质主要是氨等臭气可采用在排风系统中装设活性炭过滤器（或分子筛过滤器）的措施来防止臭气的污染。
当排风气流中含有水蒸气和凝结性物质时，应在排风系统中设坡度及排放口。
在布置排风管道时，应遵循短、直、顺的原则，尽量减少管件，降低管道系统阻力。在排风系统出口应装设防雨百叶或防雨帽（竖向排风管）。