1、落实建设与管护人员
使用水利工程中同一水源的农户。构建农民用水统一组织。作为部分工程的申报和建设责任人。水利部门和地方政府应该采用对技术指导和思想引导的方式。而不是直接使用“公办民助”的模式政府相关部门应该进一步支持农民用水统一组织能力建设。将管理运行费用列入用水成本。集体受益的小型农田水利工程产权可移交农民统一用水组织。
小型农田水利工程应遵循“投资一收益一管理”的全线原则。“管理”不是指经营，而是指对工程运行方式和处置的最优化决策。小型农田水利工程应该让受益农户具有共同的所有权。其方式也许多种多样。比如用水统一组织的所有权、受益农户的共有权等。
2、合理的水费计收和水价制度
水费应根据小型农田水利工程运行管护成本。充分发挥用水统一组织的作用。让受益农户共同商议决定。水费由用水统一组织计收和督查管理。随着农民整体文化修养的提高，其自我防护意识、民主意识也不断增强。以及农民用水统一组织的逐渐完善。末级渠系相关的水费标准制定和管理应该由农民用水统一组织自主决定。逐步实现农民用水自由化在有条件的地方。应逐步形成灌区管理单位和农民用水统一组织的供用水关系。将国有水费纳入农民用水统一组织运行成本。形成“农户+用水统一组织+国家供水单位”的供水和收费模式。充分发挥农民用水统一组织在农户和国家供水单位之间的联系作用。
3、结合地区建立不同的用水计量标准
北方的干旱地区应大力推广计量到户的水价制度。实行了用量、单价、费用的公开化运行模式现在此制度的施行主要是国家供水单位。以后应该充分发挥农民用水统一组织的作用。假如没有农民用水统一组织不施行此制度。在北方的大部分地区。难以实现计量到户的。
南方大部分地区湿润多雨。因此基本水费可以纳入到财政补贴中。仅收取农户计量水费必须加强国家供水单位和用水统一组织之间的计量，按水量收取水费的同时。应该要做到计量公平、公正。兼顾整体的利益。对于一些施工条件较差，输水过程长，导致下游用水户按水量收费不利。这是可以考虑根据面积收费。