第一阶段为开始建设阶段，从1980 年代末至1990 年代中期。以上海地铁一号线（21公里）、北京地铁复八线（13.6 公里）、北京地铁一号线改造，广州地铁一号线（18.5公里）建设为标志，我国真正以交通为目的的地铁项目开始建设。随着上海、广州地铁项目的建设，大批城市包括沈阳、天津、南京、重庆、武汉、深圳、成都、青岛等开始上报建设轨道交通项目，纷纷要求国家进行审批。
第二阶段为调整整顿阶段，从1995 年至1998 年。地铁建设发展迅猛，许多地方不考虑经济的承受能力和社会发展的需要，城市轨道交通建设带有很大盲目性。针对工程造价很高、轨道交通车辆全部引进、大部分设备大量引进、城市地铁每公里造价1 亿美元左右等问题，1995 年国务院办公厅60 号文件通知，除上海地铁二号线项目外，所有地铁项目一律暂停审批，并要求做好发展规划和国产化工作。这期间近3 年国家没有审批城市轨道交通项目。1997 年底开始，国家计委研究城市轨道设备国产化实施方案，提出深圳地铁一号线（19.5 公里）、上海明珠线（24.5 公里）、广州地铁二号线（23 公里）作为国产化依托项目，于1998 年批复3 个项目立项，轨道交通项目又开始启动。
第三阶段为蓬勃发展阶段，从1999 年至今。一是随着国家积极财政政策的实施，国家从建设资金上给予有力支持；二是通过技术引进，国际先进制造企业同国内企业合作，实现了城市轨道交通车辆、设备本地化，使城市轨道交通建设造价大大降低。国家先后批准了深圳、上海、广州、重庆、武汉、南京、杭州、成都、哈尔滨等10 多个城市轨道交通项目开工建设，并投入40 亿元国债资金予以支持，我国轨道交通建设进入高速发展期。
截至2007 年，我国先后有北京、天津、上海、广州、大连、长春、武汉、深圳、重庆、南京10 个城市建成了轨道交通，有20 多条线路在运营，全长500 多公里。上海市与德国合作的30 公里磁悬浮示范运营线已建成。特别是北京、上海、广州等特大城市的轨道交通不仅路网规模不断扩大，且轨道交通质量明显提高。在建项目方面，广州至佛山城际间轨道交通系统正在建设中，北京至天津的城际间轨道交通系统于2005 年7月正式开工建设。目前，包括北京、上海、广州轨道交通线路在内，在建的项目20 余项，线路里程420 多公里，投资规模约1200 亿元，建设速度大大超过了过去的20 年。
根据国民经济和社会发展，城镇化进程加快的需要，城市及城际轨道交通在未来十几年将处于网络规模扩展，完善结构，提高质量，快速扩充运输能力，不断提高装备水平的大发展时期。到2020 年，我国将建成几千公里城市和城际轨道交通系统，基本形成布局合理、功能完善、干支衔接、技术装备优良的城际、城市轨道交通网，实现城际客运专线、城市轻轨、城市地铁同铁路客运专线之间的有机衔接，方便旅客换乘，更好地为广大群众服务。