工程合同的风险主要来源于两大方面：一是合同条款中存在陷阱，在执行合同时，承包方或业主据此提出索赔或反索赔；二是合同本身带来的风险，业主经常用较苛刻的合同条款把风险转移给承包方，或承包方为了取得工程承包权主动提出优惠的条件，造成风险承担上的不平衡。
合同风险
采用固定价格合同带来的风险。这种合同形式，承包方承担了大部分的风险。业主较喜欢采用固定总价合同，因为在执行合同过程中，承包方索赔机会少，业主承担的风险相对较小，而且工程结算简单。一是价格风险，例如报价计算错误、漏报项目等。二是工程量风险，因做标期时间太短，投标单位无法具体计算工程量，只能凭经验估算，这是投标单位会处于两难境地。算高或算低都要承担相应的风险和亏损。
合同条款标准不明确带来的风险。工程项目由于具有单件性、生产和技术复杂性，决定了工程合同的复杂性。合同中涉及许多标准和细节问题，如工程质量，若在专用条款中对于“约定标准”没有做出明确具体的解释或缺乏可操作性， 承包方很轻易造成拆除重建的返工损失，反过来说， 建设方也可能会造成永久的质量问题，给以后的生产经营造成隐患。
合同条款前后不一致所带来的风险。无论是工程前期的招投标、中间过程中的变更，还是工程的洽商，这些方面的书面协议和文件在合同文件中具有最高效力，而且签署在后的高于签署在前的。假如在整个工程合同的执行过程中，签署文件时出现了前后不一致的现象且不利于自己一方的条款，就会带来额外的损失。
工程作业过程中设计变更带来的风险。在工程作业过程中，由于工程项目的工艺和技术的复杂性， 经常涉及到工作量及其他方面的变更。这些变更必须经工程师的书面同意，否则，承包方擅自变更，即使是合理的也要赔偿损失，且延误工期，更易导致业主的反索赔。
工程款支付约定中的风险。工程价款的支付可分为四个阶段:工程预付款、工程进度款、最终结算款和保留金。在合同实施过程中，工程进度款的支付是甲乙双方矛盾存在的焦点，进度款的拖欠或提前支付都会给双方带来一定的风险。假如此条款不明确，对日后合同的实施，造成经济纠纷和困难。
风险防范措施
做好签订合同前的准备工作，规避风险
做好前期工作规避风险是指承包商在投标前，应对投标文件进行全面透彻地分析和研究，详细调查工程项目及业主的经营状况和工程的竞争情况，以便做出准确的决策。
在合同谈判阶段，最好签订开口合同，如可变价格合同，或者材料价格据实调整等条件。在报价上也可采取一些策略，如将工程中一些风险大、花费多的分项工程或工作抛开，仅在报价单中注明，由双方再度商讨决定。
建立企业内部风险评估机制。不管是业主或承包商，风险评估是企业对即将面临的各种风险加以分析和决策的过程。企业应该建立相应的风险评估小组，将项目的风险管理落实到相应管理部门或项目管理班子。
规范合同签订程序，控制风险
在合同正式签订前进行严格的审查把关。其要点是：施工合同是否合法，业主的审批手续是否完备健全，合同是否需要公证和批准；合同是否完整无误，包括合同文件的完备和合同条款的完备；合同是否采取了示范文本，与其对照有无差异；合同双方责任和权益是否失衡；合同实施会带来什么后果，完不成的法律责任是什么，如何补救；双方合同的理解是否一致，发现歧义及时处理的方式、方法。
对于合同，最好采用示范文本，并且在示范文本的专用条款用词上要采用专业术语，以便界定明确。合同条款中要明确己方的违约成本、权利义务对等情况。对于合同的计价方式，在可以谈判的情况下，尽量满足己方的要求，以达到降低风险的目的。工程范围不确定的风险，采用固定价格合同，双方在专用条款内约定合同价款包含的风险范围和风险费用的计算方法，在约定风险范围内合同价款不再调整。
加强施工过程中合同履行的管理，降低风险
实施合同的过程也是合同履行的过程，在履行合同前，必须对合同进行交底，使参与项目的团队成员都明白合同在履行过程中存在哪些风险，如何正确地行使合同权利和履行义务。
施工过程中可能存在的风险主要有工程变更风险、索赔风险等。
工程变更的风险：由于施工项目的复杂性和合同履行周期长以及不可控因素等原因，合同执行过程中经常涉及工程变更问题，既有业主以工程变更指令形式产生的工程变更，也包括由业主违约和不可抗力等因素被动形成的工程变更。工程变更对建设项目管理有着巨大的影响，往往导致建设项目工期延误、返工增加以及劳动力窝工和机械停工、降效损失。
索赔的风险：施工过程中的索赔是常见的现象，但是要正确认识和理解索赔，索赔必须满足合同中相应的索赔条款，施工过程中，要及时收集整理资料，而且必须按规定的程序按规定的时间进行索赔，否则索赔可能不成功，会造成比较大的损失，如建筑工程施工合同示范文本规定。
转移风险和开展索赔
工程索赔制度正是转移风险的有效方法。还要注意向第三方转移风险，主要通过履约保证、工程保险和工程分包等方式来实现风险转移。
对于分包，当前建筑业工程量大、造价高、技术要求高，很多工程需要多个专业或承包商合作完成。承包商必要时可以将风险较大的工程分包给专业公司，是转移风险的一种方法，这样会有多个的分包商参与到工程中，必然存在分包合同的风险。因此，加强分包合同和分包工程的管理，按程序履行承包商应该承担的义务，特别是提醒义务，从而减少分包合同履行不符合约定给承包商带来的风险。