1.努力提升工程治理的质量
努力提升小型农田水利工程的建设质量，就应该根据当地的地区特点以及各个农田水利工程的建设特点，广泛吸收国内外在农田水利治理方面的优秀经验，积极采取先进的科学技术成果，将其贯彻融入进小型农田水利工程的治理中。同时，还要加强对农田水利工程的质量监督和控制，严格按照相关规定和要求来对工程治理的原材料、设备等进行有效的检测和验收。还要把握好治理工序的质量标准，按照质量标准来完善每一道工序，保证工程治理的质量合格。
2.努力改善当地的土壤质量
根据贾家片区小型农田水利工程存在的基础设施建设不牢固的问题，在工程治理过程中，要多给工程增加一些土层的厚度，可以通过坡改梯、薄改厚等方式来来改善例如梯田灌溉工程。此外，对于如灌溉渠里的淤泥堆积、损坏渠道的问题，应该增派治理人员，加强对灌溉渠的修复，及时清除淤泥。此外，加强对农田水利工程的治理，还可以通过有效改善当地的土壤质量、将干旱地区改建成有益于种植经济农作物的土地，这样一来，就无形中减少了小心农田水利工程的灌溉压力，土地整治措施与农田灌溉工程治理措施同步进行，相得益彰，都有利于当地农业的发展。
3.完善工程治理的管理权责
对于小型农田水利工程的治理，要按照其规模进行工程等级的划分，按照工程治理等级来确定工程的相关设施、供水区域等。在治理过程中要权责分明，确保工程治理的顺利展开。对于一些工程量大、需要重点整治的工程，则要实行责任挂牌、并且派专人进行有针对性的重点保护。从目标责任方面不断完善和提高小型农田水利工程的治理水平。
4.投入足够的工程治理资金
做好对那些毁坏比较严重、整治工程的范围和规模比较大的病险水库、山坪塘等工程的治理工作，必须投入相应的资金规模来保证工程的各种问题能够得到彻底的解决。如果没有足够的资金投入，后期工程的治理、加固工作的标准就要相应地降低，这样治理的结果是水利工程的一些问题仍然没能得到解决，病险水库仍然存在“病险”，给农田水利工程的使用留下的隐患，不利于其后期的投入使用，也不利于工程的下次整治工作的开展。例如：贾家片区某镇的一个建成时间超过l5年的小型水库，在对其进行整治修复时，由于缺乏足够的资金支持，就只是简单地对原来破损比较严重的放水卧管进行了修复，而由于放水卧管理的破损面积比较大，简单的修复不能很好地解决其底部渗漏的问题，而对于放水管在路面上的修复、加固工作也不是很到位，进而导致在对工程进行修复之后还存在大量渗漏情况，以至于影响到了水库的正常蓄水和使用。
5.要有效恢复或增加工程的库容
全区的水库、山坪塘、灌溉渠等小型农田水利工程的淤泥堆积问题十分严重，并且在一定程度上影响到了工程的使用效率。因此，妥善解决在小型农田水利工程中存在的淤泥堆积的问题，有效恢复和增加工程的库容，这是农田水利工程治理的一个关键。在清理淤泥的过程中，要注意根据当地的地质特点来采取相应的措施，简阳地区多为侏罗系砂岩，含钙量较高，在清淤时，要特别注意到石砂岩中的一些缝隙。此外，工程治理的设计人员还要结合现代科学技术以及各种新科技、新材料来帮助工程治理，特别是可以通过科学计算来对工程进行有针对性的治理，以此来增加库容。对于有条件的地区，还可以采用自动化的水利工程管理系统，进一步提升工程的管理效率，增加农田水利工程使用周期。