工程被转包怎么结算工程款？承包人依法与发包人订立建设工程施工合同后，非法将该工程转包，会导致其与转承包人签订的转包合同无效，但不影响其与发包人之间施工合同的法律效力，仍应按有效合同的约定结算工程价款。
非法转包工程对结算工程款的不利影响
建设工程被承包人转包，虽然承发包双方之间的施工合同是有效合同，但承包人没有进行实际施工，而是将其工程转交他人建设，即承包人没有实际履行施工合同所约定的建设义务，要求按照合同约定以承包人的资质等级结算工程价款，没有事实依据。承包人严重违反法律禁止性规定转包工程，主张依约结算工程价款也缺乏法律依据。
实际上怎么计算工程款
工程验收合格的前提下，工程款的结算涉及发包人、承包人和转承包人三方主体的关系，也涉及发包人与承包人之间签订的建设工程合同以及承包人与转承包人之间签订的工程转包合同两个合同关系，工程款结算也因此需要考虑以下三方面的关系。
1、发包人与承包人之间的工程款结算
在以往一些司法实践中，有认为无效的转包合同不应影响双方签订的建设工程合同的效力，因此双方仍应按照合同的约定进行工程款结算。但是，这种处理等于变相认可了承包人随意转包工程、破坏建筑市场秩序的行为，似有不妥。
考虑到承包人非法转包工程违反了法律的强制性规定，且其事实上在合同签订后并没有任何实际的履约行为，其行为是违法行为同时也是违约行为，承包人要求发包人按合同约定计算工程价款缺乏事实和法律依据。承包人有权要求发包人支付其所支出的成本，而对于合同约定的工程价款中包含的管理费和利润等则属于非法利益，可以根据《建设工程施工合同司法解释》第4条的规定予以收缴。实践中，裁判机构也有根据案件的具体情况作出不同的处理，按照实际施工人的资质等级据实结算工程款，但其裁判宗旨仍应符合“任何人不得从其违法行为中获利”的原则。
2、承包人与转承包人之间的工程款结算
《建设工程施工合同司法解释》第26条规定：实际施工人以转包人(承包人)为被告起诉的，人民法院应当依法受理。转承包人作为工程的实际施工人，与承包人均是转包合同的签订主体，根据合同相对性原则，转承包人可以直接向承包人追讨工程款。由于转包合同无效，根据合同无效的处理原则，双方应各自返还财产。
因建设工程的特殊性，若客观上严格适用返还财产的规定，必将使工程丧失其效用价值，也进一步扩大了双方的经济损失。因此，参照《建设工程施工合同司法解释》第2条的规定，建设工程经竣工验收合格，转承包人可以参照无效的转包合同的约定主张工程价款，这种处理既符合双方当事人的真实意思表示，也有利于保护当当事人的基本利益。
3、发包人与转承包人之间的工程款结算
转承包人由于与发包人没有合同关系，在承包人拖欠其工程款时，其无法向发包人主张权利。承包人一旦出现资信状况恶化、破产、法人主体资格消灭等情形时，即有可能无法追回工程款。从保护实际施工人的利益和实现公平正义角度出发，《建设工程施工合同司法解释》规定，实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人为本案当事人，发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。实际施工人的权利有了更多的救济途径。