转包合同的无效会导致工程款的结算复杂化。考虑到合同转包的法律程序以及转包之后的善后处理工作，需要对工程纠纷方面的法律法规有所了解。
一、转包合同无效后如何结算工程款
存在工程非法转包的情况下，建设工程将涉及发包人、承包人和转承包人三方主体的关系，也涉及发包人与承包人之间签订的建设工程合同以及承包人与转承包人之间签订的工程转包合同两个合同关系，工程款结算也因此需要考虑以下三方面的关系。
发包人与承包人之间的工程款结算：
在以往一些司法实践中，有认为无效的转包合同不应影响双方签订的建设工程合同的效力，因此双方仍应按照合同约定进行工程款结算。但是，这种处理等于变相认可了承包人随意转包工程、破坏建筑市场秩序的行为，似有不妥。
考虑到承包人非法转包工程违反了法律的强制性规定，且其事实上在合同签订后并没有任何实际的履约行为，其行为是违法行为同时也是违约行为，承包人要求发包人按合同约定计算工程价款缺乏事实和法律依据。承包人有权要求发包人支付其所支出的成本，而对于合同约定的工程价款中包含的管理费和利润等则属于非法利益，可以根据《建设工程施工合同司法解释》第4条的规定予以收缴。实践中，裁判机构也有根据案件的具体情况作出不同的处理，按照实际施工人的资质等级据实结算工程款，但其裁判宗旨仍应符合“任何人不得从其违法行为中获利”的原则。
承包人与转承包人之间的工程款结算：
《建设工程施工合同司法解释》第26条规定：实际施工人以转包人(承包人)为被告起诉的，人民法院应当依法受理。转承包人作为工程的实际施工人，与承包人均是转包合同的签订主体，根据合同相对性原则，转承包人可以直接向承包人追讨工程款。由于转包合同无效，根据合同无效的处理原则，双方应各自返还财产。
因建设工程的特殊性，若客观上严格适用返还财产的规定，必将使工程丧失其效用价值，也进一步扩大了双方的经济损失。因此，参照《建设工程施工合同司法解释》第2条的规定，建设工程经竣工验收合格，转承包人可以参照无效的转包合同的约定主张工程价款，这种处理既符合双方当事人的真实意思表示，也有利于保护当事人的基本利益。
发包人与转承包人之间的工程款结算：
转承包人由于与发包人没有合同关系，在承包人拖欠其工程款时，其无法向发包人主张权利。承包人一旦出现资信状况恶化、破产、法人主体资格消灭等情形时，即有可能无法追回工程款。从保护实际施工人的利益和实现公平正义角度出发，《建设工程施工合同司法解释》第26条规定：实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人为本案当事人，发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。实际施工人的权利有了更多的救济途径。
但上述规定并不等同于发包人负有直接向实际施工人支付工程款的义务。一方面，发包人和实际施工人并不存在直接的合同关系;另一方面，发包人的发包过程并无过错，要求发包人对承包人的违法行为”买单“不公平，也违背了其真实意思表示。
二、工程转包合同无效会有什么后果
工程转包合同无效会有以下法律后果：首先，转包人因非法转包建设工程所获取的非法所得要予以没收。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第四条的规定：承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同的行为无效，人民法院可以收缴当事人已经取得的非法所得。其次，建设工程质量合格的，转承包人可以直接向发包人主张工程价款。根据相关司法解释的规定，虽然在转包的情况下，转包合同无效，但如果转承包人承建的建设工程质量合格的，转承包人仍然可以主张工程价款。再次，转包工程的，转包人还可能受到行政处罚。我国《建筑法》第六十七条第一款规定：承包单位将承包的工程转包的，或者违反本法规定进行分包的，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级;情节严重的，吊销资质证书。
法律依据：《中华人民共和国建筑法》第六十七条第一款承包单位将承包的工程转包的，或者违反本法规定进行分包的，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级;情节严重的，吊销资质证书。
三、工程进度款支付方式有哪几种
1、按月结算。即实行旬末预支或月中预支，月终按工程师确认的当月完成的有效工程量进行结算，竣工后办理竣工结算。
2、分段结算。即双方约定按单项工程或单位工程形象进度，划分不同阶段进行结算。如对一般工业民用建筑可以划分为基础、结构、装饰、设备安装几个阶段。每阶段工程完工后，进行结算。高层建筑也可以把每完成一层作为一个结算段。公路工程也可以分为基础层和面层两个结算段等。
3、竣工后一次结算。建设项目较少，工期较短（如在12月以内）的工程，可以实行在施工过程中分几次预支，竣工后一次结算的方法。
4、双方约定的其他结算方式。发包人和承包人可以结合具体工程的建设规模、工期长短，合同价款多少，选择工程进度款的支付方式和相应的结算时间。